结论：公司以不干安排的活为由扣全勤的做法是否合法，需结合具体情况判断。若公司制度合法且员工无正当理由拒绝工作，公司可能有权扣全勤；但若制度违法或员工有合理理由，则公司无权扣全勤。以下为详细分析：
一、公司制度的合法性
制度制定程序：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司制度未经上述程序制定，可能被视为违法，员工有权拒绝遵守，且公司不得因此扣全勤。
制度内容合法性：
- 制度内容不得违反法律、行政法规及政策规定。例如，若制度规定“不干安排的活即扣全勤，且不支付任何补偿”，这可能违反《劳动法》中关于劳动者权益保护的规定，属于无效条款。
二、员工拒绝工作的合理性
无正当理由拒绝：
- 若员工无正当理由拒绝公司安排的工作，且公司制度合法有效，公司可能有权根据制度扣全勤。但需注意，扣全勤的幅度应合理，不得过度惩罚。
有合理理由拒绝：
- 若员工因健康原因、家庭紧急情况等合理理由拒绝工作，公司应给予理解并安排调休或补假，不得因此扣全勤。
- 若公司安排的工作超出员工职责范围、违反法律法规或存在安全隐患，员工有权拒绝，且公司不得因此扣全勤。
三、法律建议
对于员工：
- 首先，查看公司制度是否合法有效，包括制定程序和内容合法性。
- 其次，评估自己拒绝工作的理由是否合理。若理由合理，可与公司沟通说明情况，要求不扣全勤。
- 若公司坚持扣全勤，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 确保公司制度合法有效，包括制定程序和内容合法性。
- 在安排工作时，应考虑员工的实际情况和合理需求，避免过度安排或安排不合理的工作。
- 若员工拒绝工作，应了解原因并给予合理处理，避免因此引发劳动纠纷。
四、可能法律后果
- 若公司制度违法或员工拒绝工作有合理理由，公司扣全勤的行为可能被认定为违法，需承担相应的法律责任，如支付被扣的全勤工资、赔偿员工损失等。
- 若员工无正当理由拒绝工作且公司制度合法有效，公司扣全勤的行为可能被认定为合法，但需注意扣全勤的幅度应合理。
总结：公司以不干安排的活为由扣全勤的做法是否合法，需结合公司制度的合法性和员工拒绝工作的合理性来判断。若遇到此类问题，建议员工先与公司沟通说明情况，若无法解决，可寻求法律帮助维护自己的合法权益。同样，公司也应确保制度的合法性和合理性，避免因此引发劳动纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。