结论：合同中约定仲裁申请人放弃仲裁费、违约金及利息的条款，在一定条件下是可以申请无效的。这主要取决于该条款是否违反了法律的强制性规定或公序良俗，以及是否存在欺诈、胁迫、显失公平等情形。
分析：
违反法律强制性规定或公序良俗：
- 如果合同中的该条款违反了法律的强制性规定，比如《仲裁法》中关于仲裁费用的承担原则，或者违反了公序良俗（即公共秩序和善良风俗），那么该条款是无效的。例如，如果仲裁费用本应由败诉方承担，但合同中却约定由申请人承担，且这种约定明显不公平，损害了申请人的合法权益，那么该条款可能因违反法律强制性规定或公序良俗而被认定为无效。
存在欺诈、胁迫或显失公平：
- 如果合同中的该条款是在一方欺诈、胁迫或者乘人之危的情况下订立的，或者该条款明显显失公平，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该条款。例如，如果一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，迫使对方接受放弃仲裁费、违约金及利息的条款，那么该条款可能因存在欺诈、胁迫或显失公平而被认定为无效或可撤销。
合同整体效力与条款独立性：
- 还需要考虑的是，即使合同中的某个条款被认定为无效或可撤销，这并不意味着整个合同都无效。如果合同中的其他条款是合法有效的，且可以独立存在，那么这些条款仍然具有法律效力。因此，在申请无效或撤销某个条款时，需要仔细分析该条款与合同整体的关系，以及其对合同目的实现的影响。
建议：
- 审查合同条款：首先，仔细审查合同中的相关条款，了解其具体内容和含义。如果发现条款存在违反法律强制性规定、公序良俗或存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，可以考虑申请无效或撤销该条款。
- 收集证据：在申请无效或撤销条款时，需要收集充分的证据来支持自己的主张。这包括合同文本、相关交易记录、沟通记录等。
- 咨询专业律师：由于法律问题的复杂性和专业性，建议在处理此类问题时咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
后续行动：
- 如果您认为合同中的相关条款存在无效或可撤销的情形，可以及时向对方提出异议，并协商修改合同或解除合同。
- 如果协商无果，您可以考虑通过法律途径解决争议，比如向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。