合同中约定仲裁费由申请人承担，该约定通常是有效的，但需满足一定条件且可能受到特定限制。以下从不同角度进行分析：
一、约定有效的法律基础
意思自治原则：根据《中华人民共和国仲裁法》及相关法律规定，仲裁费用的承担原则上由当事人协商确定。这意味着，如果双方在合同中明确约定仲裁费由申请人承担，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定是有效的。
合同自由原则：合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。在合同中，当事人有权自由约定各自的权利和义务，包括仲裁费用的承担方式。只要这种约定不损害国家、集体或第三人的利益，不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当受到法律的保护。
二、可能存在的限制或例外情况
仲裁规则或机构规定：虽然当事人可以约定仲裁费用的承担方式，但某些仲裁机构或仲裁规则可能对此有特别规定。例如，某些仲裁机构可能规定仲裁费用原则上由败诉方承担，或者根据案件的具体情况由双方分担。因此，在约定仲裁费用承担方式时，需要查阅并遵守相关仲裁机构或仲裁规则的规定。
公平原则：如果仲裁费用的承担方式显失公平，例如一方当事人利用优势地位迫使另一方承担全部仲裁费用，而该费用明显过高或不合理，那么这种约定可能因违反公平原则而被法院或仲裁机构调整或撤销。
法律强制性规定：在某些特定情况下，法律可能对仲裁费用的承担方式有强制性规定。例如，对于某些类型的纠纷（如劳动争议、消费者权益保护纠纷等），法律可能规定仲裁费用由特定方承担或由双方分担。在这种情况下，当事人之间的约定不得违反法律的强制性规定。
三、实际操作建议
明确约定：在合同中明确约定仲裁费用的承担方式，包括仲裁费的计算标准、支付方式、支付时间等。这有助于避免在仲裁过程中因费用问题产生争议。
查阅仲裁规则：在约定仲裁费用承担方式前，查阅并了解相关仲裁机构或仲裁规则的规定。确保约定不违反这些规定，以免因违反规则而导致约定无效或被调整。
考虑公平性：在约定仲裁费用承担方式时，应考虑双方的实际情况和利益平衡。避免一方承担过重的费用负担，导致约定显失公平。
寻求专业意见：如果对仲裁费用的承担方式存在疑问或不确定，可以寻求专业律师或仲裁机构的意见。他们可以根据具体情况提供针对性的建议和指导。
如有任何合同纠纷或仲裁费用承担方面的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。