结论：公司以全年拉通核算为理由将劳动合同中的固定工资扣除，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，但一般情况下，未经劳动者同意擅自扣除固定工资是违法的。
分析说明：
固定工资的性质：
- 固定工资是劳动合同中明确约定的、劳动者每月应得的固定报酬，它构成了劳动者收入的主要部分，具有稳定性和可预期性。
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定，按时足额支付劳动者的工资。
全年拉通核算的合法性：
- 全年拉通核算通常指的是将劳动者全年的工资、奖金、津贴等所有收入进行汇总后，再按照某种方式进行分配或调整。然而，这种核算方式并不改变劳动合同中约定的固定工资的性质和支付义务。
- 如果劳动合同中没有明确约定全年拉通核算的方式和条件，或者用人单位未经劳动者同意擅自改变工资支付方式，那么这种行为就可能构成违法。
擅自扣除固定工资的违法性：
- 除非劳动合同中有明确约定，或者用人单位能够证明劳动者存在严重违反规章制度、给用人单位造成重大损失等法定情形，否则用人单位不得擅自扣除劳动者的固定工资。
- 如果用人单位以全年拉通核算为理由擅自扣除固定工资，且无法提供合法依据，那么这种行为就违反了劳动法的相关规定，劳动者有权要求用人单位补发工资，并可能依法追究用人单位的法律责任。
特殊情况说明：
- 如果劳动合同中确实约定了全年拉通核算的方式，并且明确规定了在某些情况下可以扣除固定工资（如劳动者未达到业绩目标、违反规章制度等），那么用人单位在符合约定条件的情况下扣除固定工资可能是合法的。但即便如此，用人单位也需要确保扣除的金额和方式符合劳动合同的约定和法律法规的规定。
建议与行动：
- 劳动者：如果遇到用人单位擅自扣除固定工资的情况，首先应当查看劳动合同中的相关约定，了解自己的权益和义务。如果认为用人单位的行为违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 用人单位：应当严格遵守劳动法的相关规定，按照劳动合同的约定按时足额支付劳动者的工资。如果需要调整工资支付方式或扣除工资，应当与劳动者协商一致，并签订书面协议明确双方的权利和义务。
后续思考：
- 劳动者在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付、调整和扣除的约定，确保自己的权益得到充分保障。
- 用人单位在制定和执行工资政策时，应当遵循合法、公平、合理的原则，避免侵犯劳动者的合法权益。
如有更多关于劳动纠纷的问题，可以直接向我咨询。