事业单位工作人员发生工伤后，其绩效工资是否扣除需分情况讨论，原则上不应因工伤而直接扣除，但具体需结合单位规章制度、工伤认定情况及停工留薪期规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 工伤停工留薪期内：原则上不应扣除绩效工资

根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

• “原工资福利待遇”范围：包括基本工资、岗位工资、绩效工资等固定组成部分。若绩效工资属于员工正常出勤即可获得的固定收入（如月度绩效、季度绩效等），单位不得以工伤为由扣除。
  
• 例外情形：若单位规章制度明确规定绩效工资与出勤率、工作量直接挂钩（如“绩效工资=基础绩效×实际出勤天数/应出勤天数”），且员工因工伤导致出勤不足，单位可能按比例扣减。但此类规定需满足：
  
  • 已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）；
    
  • 已向员工公示或告知；
    
  • 扣减比例合理（如按实际缺勤天数计算，而非全额扣除）。

2. 工伤停工留薪期外：需结合单位规章制度与工伤认定结果

若员工工伤治愈后仍存在残疾或影响劳动能力，需根据《工伤保险条例》进行劳动能力鉴定，并可能涉及以下情况：

• 鉴定为伤残等级：员工可能被安排至轻便岗位或享受伤残津贴，此时绩效工资是否扣除需看新岗位的薪酬结构。若新岗位无绩效工资或绩效标准降低，可能影响收入，但属于岗位调整的合理范围，非因工伤直接扣减。
  
• 未鉴定为伤残或鉴定后返回原岗位：单位不得以“工伤后工作效率下降”等理由单方面扣减绩效工资，除非员工存在故意消极怠工等违反单位规章制度的情形。

3. 单位违法扣除绩效工资的救济途径

若单位无正当理由扣除工伤员工绩效工资，员工可通过以下方式维权：

• 协商：与单位人事部门沟通，要求说明扣减依据并出示相关规章制度；
  
• 投诉：向当地劳动监察大队举报（电话：12333），要求调查处理；
  
• 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁，主张补发工资及经济补偿；对仲裁结果不服的，可向法院起诉。

4. 实务建议

• 保留证据：保存工资条、考勤记录、工伤认定书、停工留薪期通知等材料，证明扣减行为与工伤的关联性；
  
• 核查制度：要求单位出示绩效工资的计算规则及扣减依据，判断其合法性；
  
• 及时行动：若发现单位违法扣减，应在1年内申请劳动仲裁（自知道或应当知道权利被侵害之日起计算）。

总结：事业单位工伤员工的绩效工资是否扣除，需以“是否处于停工留薪期”“单位规章制度是否合法”“扣减是否有合理依据”为判断标准。若单位行为违法，员工有权通过法律途径维权。如有具体案例或单位规章制度内容，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。