结论：无证房在政府征收时，有协议书并不一定就意味着合法，这需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下从多个角度进行分析：

1. 无证房的性质与合法性：

   • 无证房通常指的是没有取得房屋产权证书或相关建设许可的房屋。这类房屋在法律上可能存在瑕疵，因为其建设可能未遵循城市规划、建设许可等法定程序。
   • 然而，无证房并不一定都是非法建筑。在某些情况下，如历史遗留问题、政策变动导致的未及时办证等，无证房可能具有一定的合法性或合理性。

2. 协议书的作用与效力：

   • 协议书是双方就房屋征收、补偿等事项达成的书面约定。如果协议书是双方真实意思的表示，且内容合法、不违反公序良俗，那么它通常具有法律效力。
   • 但协议书并不能改变无证房本身的法律性质。如果无证房本身存在违法性，那么即使签订了协议书，也可能面临法律上的风险和挑战。

3. 政府征收时的合法性判断：

   • 政府在征收房屋时，需要遵循法定程序和规定，包括发布征收公告、进行房屋评估、与被征收人协商补偿等。
   • 对于无证房，政府会进行调查和认定，以确定其是否属于合法建筑或应予以补偿的范围。如果无证房被认定为违法建筑，那么政府可能不会给予补偿或只会给予有限的补偿。
   • 如果协议书是在政府征收过程中签订的，且协议书内容符合法律法规和征收政策，那么该协议书可以作为双方权利义务的依据。但前提是，无证房本身不违反法律法规的强制性规定。

4. 可能面临的法律后果：

   • 如果无证房被认定为违法建筑，且政府依法进行了拆除或不予补偿，那么被征收人可能面临财产损失和法律纠纷。
   • 如果协议书存在欺诈、胁迫等情形，或者内容违反法律法规和征收政策，那么该协议书可能被认定为无效或可撤销，被征收人可以依法维护自己的权益。

建议：

• 对于无证房被征收的情况，建议被征收人首先了解自己的房屋是否属于合法建筑或应予以补偿的范围。
• 在签订协议书前，务必仔细阅读协议书内容，确保自己的权益得到充分保障。如有必要，可以寻求专业律师的帮助进行审查。
• 如果对政府的征收行为或协议书内容有异议，可以依法提出申诉或诉讼，维护自己的合法权益。

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