结论：政府卖的房子没有房产证，写协议是否有效需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、合同效力与物权变动分离原则

根据《中华人民共和国民法典》第二百一十五条，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。这意味着，即使房屋没有房产证，买卖协议本身在符合法定条件下仍然有效，但可能因无法办理过户而存在履行障碍。

二、具体情形下的法律效力认定

1. 因政策原因暂未取得房产证（如拆迁安置房、经济适用房）

   • 若买卖双方对房屋权属无争议且协议内容合法，合同通常有效。
   • 需注意：部分政策性住房存在转让限制（如未满5年的经济适用房），违反规定的合同可能被认定无效。例如，如果政府明确规定经济适用房需满5年才能上市交易，而你在未满5年的情况下签订买卖协议，该协议可能因违反政策规定而被认定无效。

2. 小产权房等违法建筑

   • 根据《土地管理法》，集体土地上建设的房屋不得向非本集体经济组织成员出售，此类合同无效。
   • 典型案例：城市居民购买农村宅基地房屋的合同，因违反强制性规定，通常会被法院确认无效。这是因为农村宅基地属于集体所有，其使用权仅限于本集体经济组织成员，城市居民无权购买。

3. 开发商未取得预售许可的商品房

   • 根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二条，出卖人未取得商品房预售许可证明，与买受人订立的商品房预售合同，应当认定无效，但是在起诉前取得商品房预售许可证明的，可以认定有效。
   • 举例：如果政府作为出卖人（这种情况较为特殊，通常政府不会直接作为商品房的出卖人，但假设存在此类情况），在未取得预售许可的情况下与你签订买卖协议，该协议在起诉前若仍未取得预售许可，则会被认定无效。

4. 共有人未经同意擅自处分共有房屋

   • 根据《民法典》第三百零一条，处分共有的不动产或者动产以及对共有的不动产或者动产作重大修缮、变更性质或者用途的，应当经占份额三分之二以上的按份共有人或者全体共同共有人同意，但是共有人之间另有约定的除外。
   • 分析：如果政府卖的房子属于共有财产，而政府未经其他共有人同意擅自与你签订买卖协议，若你善意且无重大过失，可主张善意取得；否则合同可能因无权处分而效力待定或无效。

三、法律风险与救济途径

1. 买方风险

   • 无法办理过户导致所有权转移受阻。
   • 可能面临卖方违约或“一房二卖”。
   • 建议措施：要求卖方提供购房合同、付款凭证等权属证明文件；约定高额违约金并办理预告登记（如果允许的话）；在合同中明确约定过户时间及违约责任。

2. 卖方风险

   • 合同履行后可能丧失房屋控制权（如果买方通过法律途径主张权利）。
   • 建议措施：明确约定过户条件及期限；保留解除权条款，在买方违约时及时行使解除权。

3. 争议解决

   • 可通过协商、调解、诉讼等方式主张权利。
   • 法律依据：《民法典》第五百七十七条（违约责任）、《民事诉讼法》相关规定。

四、法律建议

1. 核实房屋合法性：通过不动产登记中心查询房屋权属状态，确认房屋是否存在权属争议、是否属于违法建筑等。
2. 书面合同约定：明确双方权利义务、过户时间、违约责任等关键条款，避免口头协议带来的风险。
3. 资金监管：采用第三方托管方式支付房款，降低交易风险，确保资金安全。
4. 专业咨询：在签订买卖协议前，聘请律师审核合同条款并提供法律意见，确保你的权益得到充分保障。

总结：政府卖的房子没有房产证，写协议是否有效需根据具体情况判断。在签订买卖协议前，务必核实房屋合法性、明确合同条款、采取资金监管措施，并咨询专业律师以降低法律风险。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。