历史遗留问题无证房屋私自签订买卖协议，该协议在法律上的效力是存在问题的，一般而言并不合法。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
物权法规定：
- 根据《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。未经登记，不发生物权效力。无证房屋，即未取得合法产权证明的房屋，其物权状态存在瑕疵，因此，私自签订买卖协议并试图转让此类房屋，可能因违反物权法规定而无效。
合同效力：
- 买卖协议作为合同的一种，其效力受《民法典》合同编的调整。合同生效需要满足主体合格、意思表示真实、内容合法且不违反公序良俗等条件。对于无证房屋的买卖，由于房屋本身存在产权瑕疵，可能影响合同的合法性和有效性。特别是当买卖双方明知房屋无证仍进行交易时，该合同可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
二、实践角度
交易风险：
- 购买无证房屋存在极大的交易风险。由于房屋无证，买方可能无法办理产权过户手续，导致买方无法真正取得房屋的所有权。此外，如果房屋存在纠纷或被查封等情况，买方还可能面临钱房两空的风险。
行政处罚：
- 私自买卖无证房屋还可能面临行政处罚。根据相关法律法规，对于未经批准擅自建设或买卖无证房屋的行为，相关部门有权进行查处，并可能处以罚款、没收违法所得等行政处罚。
三、建议与风险提示
避免交易：
- 鉴于无证房屋买卖存在的法律风险和交易风险，建议您避免参与此类交易。在购买房屋时，务必要求卖方提供合法的产权证明，并确保房屋产权清晰、无纠纷。
法律咨询：
- 如果您已经参与了无证房屋的买卖或面临相关纠纷，建议您及时咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的法律后果。律师可以根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和解决方案。
合规操作：
- 在未来的房屋交易中，务必遵守相关法律法规和政策规定，确保交易合法合规。对于历史遗留问题的无证房屋，应通过合法途径解决产权问题后再进行交易。
总结来说，历史遗留问题无证房屋私自签订买卖协议是不合法的，且存在极大的法律风险和交易风险。建议您在房屋交易中务必谨慎行事，遵守相关法律法规和政策规定。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。