结论：合同工在医院上班自己辞职是否有补偿，这主要取决于辞职的原因以及是否符合法律规定的补偿情形。一般来说，如果是个人原因主动辞职，通常没有补偿；但如果是因医院存在违法行为或未履行合同义务而辞职，则可能有补偿。
详细分析：
个人原因主动辞职：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者因个人原因主动提出解除劳动合同的，通常不享有经济补偿。这是因为经济补偿主要是为了保障劳动者在非自愿离职情况下的基本生活需求。
- 例子：如果你因为家庭原因、个人发展考虑或其他个人因素而决定辞职，且医院没有违反劳动合同或相关法律法规的行为，那么你通常不会获得经济补偿。
因医院违法行为或未履行合同义务而辞职：
- 如果医院存在违法行为，如未按时支付工资、未提供劳动保护或劳动条件、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，或者医院未履行劳动合同中的其他重要义务，导致你不得不辞职，那么你有权要求医院支付经济补偿。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第四十六条的规定，劳动者因用人单位的违法行为或未履行合同义务而解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
- 经济补偿的计算：经济补偿的计算通常基于劳动者在用人单位的工作年限和月工资。具体来说，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 计算公式：\(经济补偿 = 工作年限 \times 月工资\)（其中，工作年限按上述规则折算，月工资为劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资）
其他特殊情况：
- 如果劳动合同中有特别约定，如辞职时的补偿条款，那么应按照合同约定执行。
- 如果辞职是由于双方协商一致的结果，且协商中明确了补偿事宜，那么也应按照协商结果执行。
建议：
- 在决定辞职前，建议先仔细审查劳动合同和医院的规章制度，了解自己的权益和义务。
- 如果认为医院存在违法行为或未履行合同义务，可以收集相关证据，如工资单、工作记录、医院规章制度等，以备后续维权之需。
- 如有需要，可以向我咨询具体的法律问题和维权策略，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。