结论：违法占地建房建成三年，是否超过处罚时效，需根据具体情况判断，一般情况下，若违法行为持续存在，则未超过处罚时效；若违法行为已终止，则可能超过处罚时效，但具体还需结合相关法律法规及执法实践来综合分析。
一、关于处罚时效的基本规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
二、违法占地建房行为的处罚时效分析
违法行为持续存在的情况：
- 如果违法占地建房的行为一直持续存在，即房屋一直处于违法建设或使用状态，那么该行为就具有连续性或继续性。
- 在这种情况下，处罚时效的计算应从行为终了之日起计算，即如果房屋至今仍未拆除或未取得合法手续，那么处罚时效就未开始计算或仍在计算中，因此未超过处罚时效。
违法行为已终止的情况：
- 如果违法占地建房的行为已经终止，即房屋已经建成且不再进行违法建设活动，那么处罚时效的计算应从违法行为发生之日起计算。
- 如果从违法行为发生之日起已经超过二年（或五年，如涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的），且在此期间未被行政机关发现，那么可能超过处罚时效。但需注意，这里的“发现”是指行政机关对违法行为的知晓或应当知晓，而不仅仅是实际查处。
三、特殊情况与执法实践
- 特殊情况：某些地区或特定类型的违法占地建房行为可能受到更严格的监管和处罚，处罚时效的计算也可能有所不同。此外，如果违法行为涉及犯罪，如非法占用农用地罪等，则可能不受行政处罚时效的限制，而需依法追究刑事责任。
- 执法实践：在实际执法中，行政机关对于违法占地建房行为的查处往往受到多种因素的影响，如执法资源、执法力度、违法行为的社会危害性等。因此，即使违法行为已经发生多年，但如果行政机关认为有必要进行查处，仍可能启动处罚程序。
四、建议与风险提示
- 建议：如果您或他人存在违法占地建房的行为，建议尽快咨询专业律师或当地土地管理部门，了解相关法律法规和政策要求，积极配合整改或申请合法手续，以避免可能的法律风险和处罚。
- 风险提示：违法占地建房不仅可能面临行政处罚，还可能影响房屋的合法性和使用权。在极端情况下，还可能涉及刑事责任。因此，务必谨慎对待此类行为。
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