实际施工人可通过以下途径申请按时结算，需结合合同性质与法律关系分情况处理：

1. 若挂靠关系被法院认定无效，但工程验收合格
   根据《民法典》第793条及《建工司法解释（一）》第24条，实际施工人有权直接向发包方主张工程款。此时需重点证明：

   • 实际完成施工且工程质量合格（需提供验收报告、监理记录等）；
     
   • 挂靠关系存在（如挂靠协议、资金往来记录、项目管理参与证据等）；
     
   • 发包方明知挂靠事实（如发包方直接向实际施工人支付工程款、参与现场管理等）。
     操作建议：向发包方发送书面催款函，明确要求按实际完成工程量结算，并附上工程量清单、签证单等证据；若发包方拒绝，可同步起诉发包方与挂靠公司，要求在欠付工程款范围内承担连带责任。

2. 若挂靠关系有效（极少数情形），需以挂靠公司名义主张权利
   若挂靠协议未被认定无效（如发包方不知情且挂靠公司具备资质），实际施工人需通过挂靠公司向发包方主张权利。此时需：

   • 督促挂靠公司及时向发包方提交结算资料；
     
   • 保留与挂靠公司的往来函件、付款记录等，证明实际施工人系实际权利人；
     
   • 若挂靠公司怠于行使权利，可依据《民法典》第535条行使代位权，直接起诉发包方。
     风险提示：此路径需以挂靠公司对外债权确定为前提，且实际施工人需证明挂靠公司“怠于行使权利”。

3. 突破“包干价”限制的关键：证明实际工程量超出约定范围
   包干价合同通常以固定总价结算，但若实际施工内容发生变更（如设计变更、工程量增减），实际施工人可主张调整价款：

   • 收集变更签证单、会议纪要、施工日志等证据，证明发包方或监理方确认的变更内容；
     
   • 委托第三方机构对增减工程量进行鉴定，作为主张价款的依据；
     
   • 若发包方拒绝签证，可依据《建工司法解释（一）》第20条，以送审价为准主张结算（需满足“发包人收到竣工结算文件后未答复”的条件）。
     

实务建议：

• 优先通过协商解决，保留书面沟通记录；
  
• 及时固定证据（如工程量确认单、材料采购发票、工人工资表等），避免因证据缺失导致主张被驳回；
  
• 若发包方与挂靠公司恶意串通压低结算价，可主张合同无效并要求按实际成本结算。
  

如有具体证据或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会为您制定更精准的应对方案。