对于未经消防设计审查擅自施工和未经消防验收这两个违法行为，通常是分别进行处罚的，而非仅处罚其中一个。以下从法律背景、处罚依据及可能后果等角度进行详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国消防法》的相关规定，建设工程必须依法进行消防设计审查，并在竣工后进行消防验收。这是确保建设工程符合消防安全标准，保障人民群众生命财产安全的重要措施。
处罚依据
未经消防设计审查擅自施工：
- 依据《中华人民共和国消防法》第五十八条：“违反本法规定，有下列行为之一的，由住房和城乡建设主管部门、消防救援机构按照各自职权责令停止施工、停止使用或者停产停业，并处三万元以上三十万元以下罚款：……（二）依法应当进行消防设计审查的建设工程，未经依法审查或者审查不合格，擅自施工的；……”。
- 这意味着，如果建设工程未经消防设计审查就擅自施工，相关责任主体将面临责令停止施工和罚款的处罚。
未经消防验收擅自投入使用：
- 同样依据《中华人民共和国消防法》第五十八条：“……（三）依法应当进行消防验收的建设工程，未经消防验收或者消防验收不合格，擅自投入使用的；……”。
- 这表明，如果建设工程未经消防验收就擅自投入使用，相关责任主体也将面临责令停止使用和罚款的处罚。
可能后果
- 分别处罚：由于未经消防设计审查擅自施工和未经消防验收擅自投入使用是两个独立的违法行为，它们分别违反了消防法的不同条款，因此通常会分别进行处罚。这意味着相关责任主体可能需要同时承担停止施工、停止使用和罚款等多重处罚。
- 加重处罚：如果相关责任主体同时存在多个违法行为，或者违法行为情节严重、造成严重后果的，还可能面临更严厉的处罚，如吊销相关资质、承担刑事责任等。
法律建议
- 严格遵守消防法规：建设单位、施工单位等责任主体应严格遵守消防法规，确保建设工程依法进行消防设计审查和消防验收。
- 及时整改违法行为：如果发现存在未经消防设计审查擅自施工或未经消防验收擅自投入使用等违法行为，应立即停止违法行为，并及时向相关部门报告并申请补办相关手续。
- 寻求专业法律帮助：在处理涉及消防法规的复杂问题时，建议寻求专业律师的帮助，以确保合法合规并降低法律风险。
综上所述，未经消防设计审查擅自施工和未经消防验收这两个违法行为通常是分别进行处罚的。相关责任主体应严格遵守消防法规，避免违法行为的发生，并在必要时寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。