结论：未办理消防设计审查擅自施工，即使已停工超过两年，仍然可能面临处罚。具体处罚情况需结合相关法律法规及实际执法情况来判断。
分析说明：
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国消防法》的相关规定，建设单位在依法应当进行消防设计审查的建设工程开工前，必须向消防设计审查验收主管部门申请消防设计审查。未经审查或者审查不合格的，建设单位、施工单位不得施工。
- 若违反上述规定，擅自施工的，由住房和城乡建设主管部门、消防救援机构按照各自职权责令停止施工、停止使用或者停产停业，并处三万元以上三十万元以下罚款。
停工时间的影响：
- 停工时间的长短，并不改变违法行为的性质。即使工程已停工超过两年，但只要未依法办理消防设计审查手续，该违法行为就仍然存在。
- 执法部门在发现此类违法行为时，仍有权依据相关法律法规进行处罚。处罚的轻重可能会考虑违法行为的持续时间、造成的后果、是否及时整改等因素，但停工时间本身并不构成免责或减轻处罚的直接理由。
实际执法情况：
- 在实际执法过程中，执法部门会根据违法行为的严重程度、社会影响、是否及时整改等因素来综合判断处罚的轻重。
- 如果建设单位或施工单位在停工期间积极采取措施，如补办消防设计审查手续、进行整改等，可能会在一定程度上减轻处罚。但这并不意味着可以完全免除处罚。
法律建议：
- 对于已停工但未办理消防设计审查的建设工程，建设单位或施工单位应尽快补办相关手续，确保工程合法合规。
- 如果因特殊原因无法立即补办手续，应主动与消防设计审查验收主管部门沟通，说明情况，并寻求解决方案。
- 在任何情况下，都应遵守相关法律法规，避免违法行为的发生，以免面临不必要的法律风险和处罚。
后续行动指南：
- 立即核查建设工程的消防设计审查情况，确认是否已依法办理相关手续。
- 如未办理，应尽快准备相关材料，向消防设计审查验收主管部门申请消防设计审查。
- 在申请过程中，积极配合主管部门的审查工作，确保审查顺利通过。
- 如已面临处罚，应认真对待处罚决定，及时履行处罚义务，并考虑是否需要申请行政复议或提起行政诉讼来维护自身合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。