结论：转业军人在政府划拨的土地上翻建房屋后收取土地费是否合法，需根据具体情况判断，包括土地性质、翻建行为是否合法、收费依据及程序等。以下从不同角度进行分析：
一、土地性质与翻建行为的合法性
土地性质：
- 政府划拨的土地通常用于特定目的，如公共设施、公益事业或特定单位的使用。若该土地为宅基地或农村集体建设用地，且转业军人作为集体经济组织成员，依法享有使用权，则翻建行为可能合法。
- 若土地性质为国有划拨土地，且非用于转业军人个人居住或符合规定的用途，则翻建行为可能涉及违法用地。
翻建行为的合法性：
- 翻建房屋需符合当地城乡规划、土地利用总体规划等相关规定，并依法办理规划许可、施工许可等手续。
- 若未经批准擅自翻建，则属于违法建设行为，可能面临拆除、罚款等行政处罚。
二、收费依据与程序
收费依据：
- 政府划拨的土地通常不涉及土地出让金等费用，但可能涉及土地管理费、规划费等行政事业性收费。
- 若转业军人翻建房屋后收取土地费，需明确该费用是否属于合法收费项目，如土地使用费、租金等，并需有明确的收费依据和标准。
收费程序：
- 收费行为需遵循法定程序，如签订土地使用合同、办理土地登记等。
- 若未经合法程序擅自收费，则可能构成违法收费行为，面临行政处罚或法律责任。
三、具体情形分析
合法翻建且合法收费：
- 若转业军人依法取得土地使用权，翻建房屋符合规划要求，并依法办理相关手续，且收费行为有合法依据和程序，则收取土地费可能合法。
违法翻建或违法收费：
- 若翻建行为违法或收费行为无合法依据和程序，则收取土地费不合法。此时，相关部门可能依法对转业军人进行行政处罚，如拆除违法建筑、没收违法所得、罚款等。
四、法律建议
核实土地性质与使用权：
- 转业军人应首先核实所翻建房屋的土地性质及自身是否依法享有土地使用权。
办理相关手续：
- 在翻建房屋前，应依法办理规划许可、施工许可等手续，确保翻建行为合法。
明确收费依据与程序：
- 若需收取土地费，应明确收费依据和标准，并遵循法定程序进行收费。
咨询专业律师：
- 在涉及土地和房产问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。虽然此处我作为潘理华律师已经给出了一些分析，但每个案件的具体情况都有所不同，专业律师能提供更个性化的法律服务。
总结：转业军人在政府划拨的土地上翻建房屋后收取土地费是否合法，需根据土地性质、翻建行为的合法性、收费依据及程序等多方面因素综合判断。在涉及此类问题时，建议转业军人谨慎行事，并咨询专业律师以获取法律帮助。