被直属领导恶意打低绩效后向公司申诉，可能会产生多方面的影响，具体分析如下：
对个人绩效评估及薪酬的影响：
- 正面影响：如果申诉成功，公司可能会重新评估你的绩效，纠正不公正的评分，从而可能提高你的绩效等级。这将直接影响你的薪酬、奖金以及可能的晋升机会，因为绩效通常是这些方面的重要考量因素。
- 负面影响：若申诉未成功，或者公司维持原绩效评分，那么你的薪酬、奖金等可能会受到负面影响，且在未来一段时间内，晋升机会也可能受限。
对个人职业声誉的影响：
- 正面影响：成功申诉可以展示你对自己职业发展的重视，以及面对不公时的勇气和决心，这有助于维护或提升你在公司内部的职业声誉。
- 负面影响：如果申诉过程处理不当，或者申诉未成功，可能会给人留下“难以管理”或“爱抱怨”的印象，这可能对你的职业声誉产生一定的负面影响。
对工作关系的影响：
- 正面影响：通过申诉，你可以与公司管理层或人力资源部门建立更直接的沟通渠道，这有助于解决潜在的误解或冲突，改善工作关系。
- 负面影响：申诉可能会加剧你与直属领导之间的紧张关系，甚至可能导致工作氛围的恶化。如果处理不当，还可能影响你与其他同事的关系。
对公司内部管理的影响：
- 正面影响：你的申诉可能促使公司审视其绩效评估体系，发现并纠正其中存在的问题或漏洞，从而完善内部管理机制。
- 负面影响：如果申诉频繁发生，且处理不当，可能会引发员工对公司管理的不满和信任危机，影响公司的整体稳定性和凝聚力。
法律建议：
- 收集证据：在申诉前，务必收集充分的证据来支持你的主张，如工作记录、项目成果、同事证言等。
- 了解公司政策：熟悉公司的绩效评估政策和申诉流程，确保你的申诉符合公司规定。
- 保持冷静和专业：在申诉过程中，保持冷静和专业，避免情绪化的表达或行为，这有助于维护你的职业形象。
- 寻求支持：如果可能，寻求同事或人力资源部门的支持，他们可能能提供有价值的建议或帮助。
可能面临的法律后果：
- 如果公司存在违法或违规的绩效评估行为，如歧视、报复等，你有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在申诉过程中，如果公司或领导存在侵犯你名誉权、隐私权等违法行为，你也可以考虑通过法律途径追究其责任。
总结来说，被直属领导恶意打低绩效后向公司申诉，既可能带来积极的影响，如纠正不公、改善工作关系等；也可能产生负面的影响，如加剧紧张关系、影响职业声誉等。因此，在决定申诉前，务必权衡利弊，做好充分的准备和规划。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。