结论：单位是否可以从员工工资中扣回其工作期间收取的店里营业额，需分情况讨论，不能一概而论。

分析：

1. 若员工行为构成职务侵占或挪用资金：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果员工利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，可能构成职务侵占罪；若员工挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，可能构成挪用资金罪。
   • 单位权利：在此情况下，单位不仅有权要求员工返还侵占或挪用的资金，还可以依法追究员工的刑事责任。同时，单位在追回资金的过程中，如果员工尚未离职，单位可以从其工资中扣除相应金额，但需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，且扣除比例需符合相关法律法规的规定。

2. 若员工行为不构成犯罪，但违反单位规章制度：

   • 法律背景：如果员工的行为虽然不构成犯罪，但违反了单位的规章制度，如财务管理制度、收银制度等，单位有权根据规章制度对员工进行处罚。
   • 单位权利：在此情况下，单位可以要求员工返还收取的营业额，并可能根据规章制度对员工进行罚款或扣减工资等处罚。但同样，单位在扣减工资时需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，且扣除比例需合理合法。

3. 若员工行为既不构成犯罪，也未违反单位规章制度：

   • 法律背景：如果员工的行为既不构成犯罪，也未违反单位的规章制度，那么单位可能无权直接从员工工资中扣回营业额。
   • 单位权利与限制：在此情况下，单位应首先与员工进行协商，寻求和解或达成其他补偿协议。如果协商无果，单位可能需要通过法律途径（如提起民事诉讼）来追回资金。在未经法律程序确认员工责任的情况下，单位不得擅自扣减员工工资。

建议：

• 对单位而言：在处理此类事件时，单位应首先明确员工的行为性质，并根据相关法律法规和单位规章制度来采取相应的措施。如果员工行为涉嫌犯罪，单位应及时向公安机关报案；如果员工行为违反规章制度，单位应按照规章制度进行处理；如果员工行为既不构成犯罪也未违反规章制度，单位应与员工进行协商解决。
• 对员工而言：如果员工发现自己被单位错误地扣减了工资或面临其他不合理的处罚，应及时向单位提出异议，并保留好相关证据。如果单位不予理会或处理不当，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

可能后果：

• 如果单位擅自扣减员工工资且不符合法律法规的规定，可能面临劳动监察部门的处罚或员工的法律诉讼。
• 如果员工的行为构成犯罪或违反规章制度且单位未及时处理，可能给单位带来经济损失或声誉损害。

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