结论：员工同意从工资里面扣丢失的东西金额这一行为，在符合一定条件下是可以的，但需谨慎操作并遵循相关法律法规。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度
劳动合同与规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定工资的构成及支付方式，同时，用人单位的规章制度（需经民主程序制定并公示）也可以对工资的扣除作出规定。
- 若劳动合同或规章制度中明确规定了因员工原因造成公司财物丢失或损坏时，可以从工资中扣除相应金额作为赔偿，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除是合法的。
扣除限额与程序：
- 即使劳动合同或规章制度中有相关规定，扣除的金额也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 扣除前，用人单位应与劳动者进行充分沟通，确保劳动者对扣除事项、金额及依据有清晰了解，并最好取得劳动者的书面同意。
举证责任：
- 用人单位需承担举证责任，证明财物的丢失或损坏是由员工造成的，以及丢失或损坏财物的具体价值。若无法提供充分证据，则不得随意扣除员工工资。
二、实际操作角度
员工同意的效力：
- 员工同意从工资中扣除丢失东西金额的行为，应视为双方对工资支付方式的变更达成了一致意见。但这种同意必须是自愿、真实且明确的，不得存在欺诈、胁迫等情形。
- 为避免后续纠纷，建议用人单位与员工签订书面协议，明确扣除事项、金额、期限及双方的权利义务。
替代性解决方案：
- 除了从工资中扣除外，用人单位还可以考虑与员工协商其他赔偿方式，如分期赔偿、提供劳务抵偿等。这些方式可能更易于被员工接受，也有助于维护和谐的劳动关系。
风险防范：
- 用人单位应加强对公司财物的管理，建立健全的财物管理制度和盘点机制，减少财物丢失或损坏的风险。
- 同时，用人单位应定期对员工进行法律法规培训，提高员工的法律意识和风险防范意识。
三、特殊情况考虑
- 若员工丢失的财物属于公司的重要资产或涉及商业秘密等敏感信息，用人单位在处理时需更加谨慎。除了考虑经济赔偿外，还应评估是否需要采取其他措施（如报警、追究法律责任等）来维护公司的合法权益。
建议：在实际操作中，用人单位应确保所有扣除行为都符合法律法规的规定，并与员工进行充分沟通。若遇到复杂情况或不确定如何处理时，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的劳动纠纷法律服务。