劳动者工资超过了企业工资总额，企业不可以直接扣回。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面

从现行有效的法律法规来看，并没有规定企业可以因为劳动者工资超过企业工资总额而直接扣回。企业工资总额是指企业在一定时期内直接支付给本企业全部职工的劳动报酬总额，它是一个整体概念，用于反映企业整体的薪酬支出情况。而劳动者个人的工资是基于其与企业的劳动合同约定、工作表现、岗位价值等多种因素确定的，是劳动者应得的劳动报酬。

企业与劳动者之间建立的是劳动关系，双方的权利义务主要受《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规的调整。根据这些法律，企业应当按照劳动合同的约定，及时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。如果企业随意扣回劳动者工资，就违反了法律规定，劳动者有权向劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁、提起诉讼，要求企业支付被扣的工资，并可能要求企业承担相应的赔偿责任。

实际操作层面

即使企业发现劳动者工资超过了企业工资总额的预算或预期，也不能直接采取扣回工资的方式。企业可以通过以下合法途径来处理这种情况：

1. 调整薪酬结构或预算：企业可以对整体的薪酬结构进行调整，例如优化薪酬分配方案，合理设置不同岗位、不同绩效对应的薪酬水平，以确保企业工资总额的合理使用。同时，企业也可以对未来的工资总额预算进行重新评估和调整，以更好地适应企业的经营状况和发展需求。
2. 与劳动者协商：如果企业认为个别劳动者的工资过高，影响了企业工资总额的合理分配，可以与劳动者进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以协商调整劳动者的工作岗位、工作内容或绩效目标等，从而相应地调整其工资水平。但这种协商必须基于平等、自愿的原则，不能强迫劳动者接受不合理的条件。

特殊情况说明

如果劳动者存在违反企业规章制度、给企业造成损失等情形，企业可以依据相关规定扣除劳动者部分工资作为赔偿。但这种扣除必须符合法律法规的规定，例如扣除的金额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准等。而且，这种扣除与劳动者工资超过企业工资总额的情况是不同的，不能混为一谈。

建议：企业在处理工资总额和劳动者工资关系时，应当遵守法律法规的规定，尊重劳动者的合法权益。如果遇到相关问题，建议及时咨询专业律师或劳动法律顾问，以确保企业的行为合法合规。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。