核心结论：合作协议公司留两份本身不违法，但需确保协议内容合法、双方权利义务明确，并注意协议签署、保管及履行过程中的风险防控。以下从不同角度展开说明：

1. 协议份数的法律效力
   根据《民法典》第四百九十条，合同自双方签字或盖章时成立。合作协议公司留两份（如一方持一份、公司存档一份）是常见操作，只要协议内容合法、双方自愿签署，份数不影响合同效力。但需注意：

   • 若协议约定“一式两份，双方各执一份”，则公司留存两份可能违反约定，需与对方协商补充协议或书面确认；
     
   • 若协议未明确份数，公司留存两份属于内部管理行为，不违法。

2. 协议签署与保管的注意事项

   • 签署环节：确保双方签字/盖章真实有效，避免代签、伪造签名等情形。若公司留存的是复印件或扫描件，需与原件核对一致，并由对方确认复印件效力（如加盖“与原件一致”章）。
     
   • 保管义务：公司作为协议保管方，需妥善保存协议原件，防止丢失、损毁或篡改。若因保管不善导致协议无法履行，可能承担违约责任。
     
   • 履行记录：建议公司留存协议履行过程中的相关证据（如付款凭证、交付单据等），以备纠纷时证明己方已履约。

3. 潜在风险与应对建议

   • 风险1：对方否认协议内容
     若公司仅留存一份协议且未给对方副本，对方可能以“未签署”或“内容不一致”为由抗辩。
     建议：签署时要求对方当场核对协议内容，并在每页签字或加盖骑缝章；协议签署后尽快向对方提供副本，并留存送达凭证（如快递单、签收记录）。

   • 风险2：协议被单方修改
     若公司留存的两份协议内容不一致（如公司擅自修改条款），可能被认定为无效或构成欺诈。
     建议：协议修改需双方协商一致并签署补充协议，禁止单方修改；留存协议时建议使用防伪技术（如水印、编号），降低篡改风险。

   • 风险3：协议丢失或损毁
     若公司留存的协议原件丢失，可能无法证明合同关系，导致维权困难。
     建议：除纸质原件外，可同步保存电子版协议（如扫描件、PDF），并备份至云端或外部存储设备；重要协议可委托公证处公证或由律师见证。

总结：公司留两份合作协议本身无问题，但需确保协议签署合法、保管妥善，并注意履行过程中的证据留存。若对协议效力或风险防控有疑问，可直接向我咨询具体条款或操作细节。