结论：续签合同两份都留在公司这一做法是不合规的，正常情况下，合同应当一式多份，由双方当事人各执一份，以确保双方权益。以下从不同角度为你详细分析：

合同留存的基本原则

在合同签订及续签过程中，遵循的基本原则是合同双方各执一份合同原件，这是保障双方权益、明确双方权利义务的重要基础。如果续签合同两份都留在公司，那么员工将无法持有自己的合同原件，这在后续可能出现的纠纷中，会使员工处于不利地位，难以有效维护自己的合法权益。

可能的法律后果

1. 员工权益受损：若合同全部留存于公司，员工在面临如工资调整、岗位变动、解除合同等情形时，可能因无法提供合同原件而难以证明自己的权益，增加维权难度。
2. 公司违规风险：公司此举可能违反相关法律法规关于合同留存的规定，面临劳动行政部门的处罚，同时在劳动争议仲裁或诉讼中，也可能因无法提供充分证据而承担不利后果。

应对措施与建议

1. 要求公司提供合同副本：员工有权要求公司提供续签合同的副本或复印件，以确保自己持有合同的相关内容。这是员工的基本权益，公司应当予以配合。
2. 与公司协商：如果公司拒绝提供合同副本，员工可以与公司进行协商，明确表达自己的诉求和担忧，寻求双方都能接受的解决方案。
3. 向劳动行政部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动行政部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持，以维护自己的合法权益。
4. 寻求法律援助：在必要时，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的法律权益和可行的维权途径。

特殊情况说明

虽然一般情况下合同应当双方各执一份，但也存在某些特殊情况下，合同可能由一方统一保管，如涉及商业秘密或需要高度保密的合同。然而，即便在这种情况下，公司也应当采取其他措施确保员工的知情权，如提供合同摘要、允许员工查阅等，而不是简单地剥夺员工持有合同原件的权利。

总结与建议：续签合同两份都留在公司是不合规的，员工应当积极维护自己的合法权益，要求公司提供合同副本或采取其他措施确保自己的知情权。如果公司拒绝配合，员工可以通过协商、投诉或寻求法律援助等途径来解决问题。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。