结论：在签了扶养协议且案件已进入二审阶段，对方要求再次做亲子鉴定，法院是否会批准，这取决于多种因素，包括一审中是否已进行过亲子鉴定、鉴定结论的可靠性、是否存在新的证据或理由支持重新鉴定等。以下是对此问题的详细分析：
一、一审中是否已进行过亲子鉴定
若一审中已进行过亲子鉴定：
- 通常情况下，如果一审中已经进行了亲子鉴定，并且鉴定结论明确、可靠，那么二审中法院一般不会轻易批准再次进行亲子鉴定。因为亲子鉴定是一种具有高度科学性和准确性的鉴定方式，其结论在一般情况下应当被采纳。
- 但是，如果对方能提出充分证据证明一审中的亲子鉴定存在程序违法、鉴定机构不具备资质、鉴定结论明显依据不足等情形，法院可能会考虑批准重新鉴定。
若一审中未进行过亲子鉴定：
- 如果一审中因各种原因未进行亲子鉴定，而二审中对方提出亲子鉴定的申请，且该申请与案件事实认定具有直接关联性，法院在综合考虑案件情况后，有可能会批准进行亲子鉴定。
二、鉴定结论的可靠性
- 亲子鉴定的结论应当具有高度的可靠性。如果一审中的亲子鉴定结论存在争议或不确定性，或者对方能提出合理怀疑的理由，法院可能会考虑批准重新鉴定，以更准确地查明案件事实。
三、是否存在新的证据或理由支持重新鉴定
- 在二审中，如果对方能提出新的证据或理由，证明一审中的亲子鉴定结论可能存在错误或需要进一步验证，法院在审查这些新证据或理由后，有可能会批准重新进行亲子鉴定。
四、法律程序与原则
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人有权在诉讼过程中提出证据，包括申请亲子鉴定。但是，这种权利的行使应当受到一定的限制，以防止滥用诉讼权利、拖延诉讼进程或损害对方当事人的合法权益。
- 法院在决定是否批准亲子鉴定申请时，会综合考虑案件的具体情况、鉴定结论的可靠性、当事人的申请理由以及诉讼效率等因素。
五、建议与注意事项
对于提出亲子鉴定申请的一方：
- 应当充分准备证据和理由，证明亲子鉴定的必要性和合理性。
- 注意选择具有资质和信誉的鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结论的可靠性和有效性。
对于反对亲子鉴定申请的一方：
- 可以提出反驳证据和理由，证明亲子鉴定申请的不必要性或不合理性。
- 如果担心亲子鉴定可能对自己造成不利影响，可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并制定相应的应对策略。
最后，每个案件的具体情况都是独特的，法院在决定是否批准亲子鉴定申请时，会综合考虑多种因素。如果您或对方对法院的决定有异议，可以在法定期限内提出上诉或申请再审。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。