结论：在女方要求亲子鉴定而男方不同意的情况下，法院是否会同意进行亲子鉴定，需根据具体情况综合判断。一般来说，未经男方同意，不得强制进行亲子鉴定；但在特定法律程序中，若女方能提供必要证据且男方无正当理由拒绝，法院可能会作出不利于男方的推定或裁定强制鉴定。
一、法律规定角度
一般原则：
- 亲子鉴定涉及个人隐私权和身体权，未经本人同意，不得强制进行。这是基于对个人隐私和自主决定权的尊重。
特殊情形下的法律推定：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条，若女方有合理证据怀疑孩子非男方亲生，并提起诉讼请求确认或否认亲子关系，同时提供了必要证据予以证明，而男方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定女方主张成立。这意味着，在特定情况下，法院有权根据女方提供的证据和男方的拒绝态度，作出不利于男方的推定。
二、诉讼程序角度
女方提起诉讼：
- 若女方坚持确认或否认亲子关系，可向法院提起诉讼，并提供必要证据。法院在审理过程中，会综合考虑双方证据和陈述，以及亲子鉴定对案件处理的重要性。
男方权益保护：
- 法院在处理此类案件时，也会充分保障男方的合法权益。若女方证据不充分或存在疑点，法院不会仅凭女方主张就裁定强制鉴定。男方有权提出反驳证据和意见，维护自己的合法权益。
强制鉴定的裁定：
- 在极少数情况下，若法院认为亲子鉴定是查明案件事实的关键，且男方无正当理由拒绝鉴定，可能会裁定强制进行亲子鉴定。但这种情况非常罕见，且法院会严格审查相关证据和理由。
三、实际操作建议
沟通协商：
- 在诉讼前，双方应首先尝试通过沟通协商解决问题。女方可以坦诚表达自己的疑虑和诉求，男方也可以解释自己拒绝鉴定的原因。通过有效沟通，双方可能达成一致意见，避免不必要的法律纠纷。
寻求调解：
- 若沟通无果，双方可以寻求第三方调解，如家庭成员、社区调解委员会或专业调解机构等。调解人员可以帮助双方理解彼此立场，寻找双方都能接受的解决方案。
准备证据：
- 若女方决定提起诉讼，应提前准备必要证据，如出生证明、医疗记录、证人证言等。这些证据可能有助于法院在缺乏亲子鉴定结果的情况下作出判断。
尊重法院裁决：
- 无论法院最终是否裁定强制进行亲子鉴定，双方都应尊重法院的裁决结果。若对裁决结果有异议，可以通过合法途径提出上诉或申诉。
示例说明：假设女方因怀疑孩子非男方亲生而提起诉讼，并提供了孕期产检记录、孩子出生时的医疗记录等证据。男方则拒绝进行亲子鉴定，但未提供相反证据。在此情况下，法院可能会根据女方提供的证据和男方的拒绝态度，认定女方主张成立，即孩子非男方亲生。当然，这只是一个假设性的例子，实际案件的处理会更为复杂和细致。
最后建议：在处理此类敏感问题时，建议双方保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。若有问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。