当女方不同意亲子鉴定时，法院会根据具体情况和提供的证据来综合判断并作出裁决，具体分为以下两种情况：
若男方起诉请求否认亲子关系：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十三条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条，若男方能提供必要证据证明孩子可能非其亲生，而女方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，法院可以认定男方的主张成立，即否认亲子关系。
- 证据要求：男方需要承担举证责任，提供如孩子出生时间与双方同居时间不符、血型不符、亲子鉴定样本初步比对结果（如通过非正规渠道获取的样本，但需注意此类证据的合法性和证明力）、双方不存在生育可能的时间及事实等证据。
- 法律后果：若法院认定男方主张成立，则男方无需承担对孩子的抚养义务，同时可能涉及财产分割、精神损害赔偿等法律问题。
若男方或成年子女起诉请求确认亲子关系：
- 法律依据：同样依据上述法律条款，若男方或成年子女能提供必要证据证明孩子与其存在亲子关系，而女方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，法院可以认定确认亲子关系一方的主张成立。
- 证据要求：提起诉讼的一方需要提供如亲子鉴定样本初步比对结果（虽非最终鉴定，但可作为初步证据）、双方存在生育可能的时间及事实、家庭关系证明、往来书信、通话记录等证据，以支持自己的主张。
- 法律后果：若法院认定确认亲子关系一方的主张成立，则孩子将被认定为婚生子女或具有亲子关系的子女，享有相应的法律权利和义务。
在处理此类案件时，法院会遵循以下原则：
- 自愿原则与尊重意愿：亲子鉴定涉及人身权利和个人隐私，不能强制进行。法院会充分尊重双方的意愿，不会因一方拒绝鉴定而直接作出对其不利的裁决。
- 举证责任：提起诉讼的一方需要承担举证责任，提供足够的证据来支持自己的主张。若举证不能，则可能承担不利的法律后果。
- 保护当事人合法权益与维护司法公正：法院在裁决时会平衡双方利益，确保司法程序的顺利进行和司法公正的实现。例如，在涉及遗产继承等案件中，亲子关系的确认直接影响各方权益，法院会根据具体情况依法作出认定。
建议：
- 在提起诉讼前，建议充分收集相关证据，如孩子的出生证明、家庭关系证明、双方的关系证明等，以支持自己的主张。
- 若女方拒绝亲子鉴定，男方或成年子女应寻求法律途径解决争议，通过法院裁决来确认或否认亲子关系。
- 在整个过程中，保持冷静和理性，遵循法律程序，以维护自己的合法权益。
若您在此类问题上还有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。