针对非法转包项目验收合格三年后的处理，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若涉及工程质量纠纷或追责
   根据《民法典》第806条及《建设工程质量管理条例》第62条，非法转包行为本身违法，即使项目验收合格，转包方与实际施工人仍可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）或民事赔偿风险。验收合格仅表明工程符合最低质量标准，不改变转包行为的违法性。若三年内未被行政机关查处或未发生质量事故，行政处罚风险可能降低，但若存在隐蔽质量问题或后续纠纷，仍可能被追溯责任。

2. 若涉及工程款结算纠纷
   若转包方与实际施工人因工程款支付产生争议，验收合格可作为实际施工人主张付款的依据，但需注意诉讼时效问题。根据《民法典》第188条，民事纠纷诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起算。若验收合格后三年内未主张工程款，可能因超过时效丧失胜诉权；但若存在持续催款、签订结算协议等中断时效的情形，时效可能重新计算。

3. 若涉及合同效力问题
   非法转包合同因违反法律强制性规定（如《招标投标法》第48条、《建筑法》第28条）而无效。合同无效后，实际施工人可依据《民法典》第157条主张折价补偿（按实际投入成本或市场价），但需提供证据证明工程量及成本。若验收合格，法院可能参考合同约定价款酌情确定补偿金额，但不会支持违法转包产生的利润。

4. 若涉及实际施工人权利保护
   根据《建设工程司法解释（一）》第43条，实际施工人可突破合同相对性，直接向发包人主张工程款（以转包方欠付范围为限）。但需注意：

   • 需证明与转包方存在事实施工关系（如施工合同、付款记录、现场签证等）；
     
   • 发包人仅在欠付转包方工程款范围内承担责任；
     
   • 若验收合格后三年内未主张，可能因时效问题受限。

建议行动：

• 立即梳理项目合同、验收文件、付款记录等证据；
  
• 评估纠纷类型（质量、付款、合同效力等）及诉讼时效；
  
• 若涉及行政处罚风险，可主动向住建部门说明情况，争取从轻处理；
  
• 若涉及民事纠纷，可依据证据情况选择协商、调解或诉讼途径解决。
  

如有进一步细节（如转包具体形式、纠纷类型、证据情况等），可向我补充说明，以便更精准分析。