结论：公司直接将部分工资结构调整为社保补贴、公积金补贴的做法，在绝大多数情况下是不合法的。以下从不同角度详细分析：

从法律强制性规定角度

根据我国《社会保险法》和《住房公积金管理条例》，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险和住房公积金制度，这是法定的强制义务。用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免；住房公积金方面，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。

公司把工资的一部分拿出来作为社保补贴和公积金补贴，实际上是想规避自己作为用人单位应承担的缴纳社保和公积金的法定义务。这种做法使得劳动者无法享受到应有的社会保障和住房公积金权益，违反了法律的强制性规定，是不被允许的。例如，如果劳动者发生工伤、生病等情况，由于公司没有依法缴纳社保，劳动者可能无法获得相应的工伤赔偿、医疗报销等保障，严重损害了劳动者的合法权益。

从劳动合同约定角度

劳动合同是用人单位与劳动者确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了工资的构成和金额，且没有提及将部分工资作为社保补贴和公积金补贴的内容，公司单方面将工资结构进行调整，属于擅自变更劳动合同的行为。

根据《劳动合同法》规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。公司未经与劳动者协商一致，就自行改变工资结构，这种做法违反了劳动合同的约定和法律规定，劳动者有权拒绝，并且可以要求公司按照原劳动合同的约定支付工资。

特殊情况分析

有一种特殊情况是，如果公司与劳动者协商一致，并且以书面形式明确约定将部分工资作为社保补贴和公积金补贴，同时公司承诺会按照规定为劳动者缴纳社保和公积金，只是形式上将这部分费用在工资中体现出来，这种情况下看似有一定的合理性。

但实际上，这种操作仍然存在很大风险。一方面，社保和公积金的缴纳基数和比例是有明确规定的，公司不能随意确定。如果按照这种方式操作，可能会导致社保和公积金的缴纳基数不实，影响劳动者未来的权益。另一方面，这种约定可能被认定为用人单位逃避法定义务的手段，在发生劳动争议时，劳动仲裁机构或法院可能不会认可这种约定的合法性，公司仍然需要承担补缴社保和公积金的责任，甚至可能面临行政处罚。

建议：如果公司提出这样的工资结构调整方案，劳动者要谨慎对待，明确拒绝这种不合法的做法，并要求公司依法缴纳社保和公积金。如果公司坚持己见，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。要是你还有其他关于劳动法律方面的问题，都可以直接向我咨询。