针对您提出的“在我国有商铺40年后到期了怎么处理的案例”这一问题，虽然具体的案例可能因地区、政策执行及个体情况的不同而有所差异，但我可以根据相关法律法规和普遍实践，为您概述商铺40年土地使用年限到期后的一般处理方式。
一、自动续期并缴纳土地出让金
法律依据与普遍实践：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，非住宅建设用地使用权期限届满后，业主有权申请续期。这一规定为商铺土地使用年限到期后的续期提供了法律基础。
- 在实际操作中，业主通常需要在土地使用年限到期前的一段时间内（如一年，具体时限可能因地区而异）向当地国土资源部门提出续期申请。
续期流程与费用：
- 业主提交续期申请后，国土资源部门会进行审查，并在符合续期条件的情况下批准申请。
- 获批后，业主需重新签订土地使用权出让合同，并根据当时的地价水平、土地用途、地段等因素综合确定并支付土地出让金。这一费用是业主继续使用土地的必要条件。
案例参考：
- 虽然无法提供具体的案例名称，但类似的情况在多个城市都有发生。例如，某些城市的商业区或购物中心，在土地使用年限到期后，业主通过申请续期并缴纳土地出让金，成功延续了土地的使用权。
二、国家收回土地及地上建筑物并给予补偿
收回条件与补偿机制：
- 如果业主未按时提出续期申请，或续期申请未获得批准，土地使用权将由国家无偿收回。但在此情况下，国家会根据相关规定对地上的商铺等建筑物给予一定的补偿。
- 补偿金额通常会考虑建筑物的剩余价值、市场评估价格以及拆迁安置等因素，以确保业主的合法权益得到保障。
特殊情况处理：
- 在某些特殊情况下，如城市规划调整、基础设施建设等公共利益需要，国家可能会依法收回土地使用权，并对业主进行合理补偿。这种情况下，政府会尽量通过协商和谈判，确保补偿方案的公平性和合理性。
案例参考：
- 同样，虽然无法提供具体的案例名称，但在城市更新或基础设施建设过程中，确实存在因公共利益需要而收回土地使用权并对业主进行补偿的情况。这些案例通常涉及复杂的协商和谈判过程，以确保双方的权益得到平衡。
结论与建议：
商铺土地使用年限到期后，业主有权选择申请续期并缴纳土地出让金以继续使用该土地，或面临国家收回土地及地上建筑物并给予补偿的情况。为避免不必要的法律风险和损失，我建议您在商铺产权到期前及时咨询当地国土资源部门或专业律师，了解具体的续期流程和注意事项。同时，关注政府发布的城市规划、基础设施建设等相关信息，以便及时了解可能对商铺土地使用产生影响的政策变化。