教师发生工伤，其课时费一般是不应被扣除的。以下从不同角度为你详细分析：

法律层面

根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”，通常就包括了教师的基本工资、课时费等正常工作期间的收入。因此，从法律条文的角度来看，教师在停工留薪期内，其课时费是不应被扣除的。

实际操作层面

1. 学校政策：虽然法律有明确规定，但具体执行时还需参考学校的政策。有些学校可能会根据自身的实际情况，制定一些内部的规章制度。然而，这些规章制度不能违反法律法规的强制性规定。如果学校试图扣除教师的课时费，教师有权提出异议，并要求学校按照法律规定执行。
2. 工伤认定与停工留薪期确定：教师发生工伤后，需要及时进行工伤认定，并确定停工留薪期。停工留薪期的长短直接影响到教师工资福利待遇的支付。如果学校对工伤认定或停工留薪期有异议，可以通过法律途径进行解决，但不能因此擅自扣除教师的课时费。

特殊情况

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果教师在工伤期间违反了学校的规章制度，或者存在其他不当行为，学校可能会根据相关规定对其进行处理，包括扣除部分工资或福利。但这种情况与工伤本身无关，而是基于教师的行为表现。

建议

1. 保留证据：教师在发生工伤后，应及时保留相关证据，如医疗证明、工伤认定书等，以便在需要时证明自己的权益。
2. 与学校沟通：如果学校试图扣除课时费，教师应首先与学校进行沟通，了解具体原因，并要求学校按照法律规定执行。
3. 寻求法律援助：如果沟通无果，教师可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

总之，教师在发生工伤后，其课时费一般是不应被扣除的。如果遇到此类问题，建议及时咨询专业律师（即我本人，贺鹏律师，专注于刑事辩护、交通事故、医疗损害、医疗纠纷、劳动纠纷、合同纠纷领域），以便更好地维护自己的权益。