结论前置：在民间借贷纠纷中，被告已经偿还部分借款，原告在起诉时应当予以扣除，否则可能面临法律上的不利后果。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法律义务与诚实信用原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人在民事活动中应当遵循诚实信用原则。原告在起诉时，有义务如实陈述案件事实，包括被告已经偿还的部分借款。如果原告故意隐瞒或未扣除已偿还部分，可能构成虚假陈述，违反诚实信用原则。

2. 诉讼风险与后果：

   • 如果原告在起诉时未扣除被告已偿还的部分借款，被告在诉讼过程中很可能会提出抗辩，并提供相关证据证明已还款的事实。一旦法院查明原告存在隐瞒或未扣除已还款项的情况，可能会对原告的诉讼请求不予支持，或者仅支持扣除已还款项后的剩余部分。
   • 此外，原告还可能因虚假陈述而面临法院的训诫、罚款等处罚，甚至可能影响其信用记录。

3. 实际操作建议：

   • 起诉前准备：在起诉前，原告应仔细核对借款合同、还款记录等证据材料，确保起诉金额准确无误。如果发现被告已经偿还部分借款，应及时在起诉状中予以扣除，并附上相关证据。
   • 诉讼过程中应对：如果原告在起诉时未扣除已还款项，但在诉讼过程中被告提出抗辩并提供证据证明已还款的事实，原告应积极应对，如实陈述情况，并请求法院根据实际情况进行调整。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果原告因疏忽或误解而未在起诉时扣除已还款项，且被告在诉讼过程中未提出抗辩或提供证据证明已还款的事实，法院可能会根据原告提供的证据进行判决。但这种情况存在风险，因为被告可能在后续执行过程中提出异议或申请再审。
   • 如果双方对已还款项存在争议，且无法通过协商解决，法院可能会要求双方提供证据进行质证和辩论，以确定实际欠款金额。

总结与建议：在民间借贷纠纷中，原告在起诉时应当如实陈述案件事实，包括被告已经偿还的部分借款。如果故意隐瞒或未扣除已还款项，可能面临法律上的不利后果。因此，建议原告在起诉前仔细核对证据材料，确保起诉金额准确无误；在诉讼过程中积极应对被告的抗辩和证据提供，如实陈述情况并请求法院根据实际情况进行调整。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。