结论：民间借贷案件已经判决执行，但未扣除已还款金额的，您可以通过法律途径要求更改执行金额。关于时间限制，这主要取决于您是否在法定的申请执行异议或再审期限内提出相关请求。

详细分析：

1. 关于更改执行金额：

   • 如果在执行过程中发现原判决未扣除已还款金额，您首先应当与执行法院沟通，提供已还款的证据，如转账记录、收据等，要求法院对执行金额进行相应调整。
   • 如果执行法院未予采纳，您可以考虑通过法律程序提出执行异议。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人、利害关系人认为执行行为违反法律规定的，可以向负责执行的人民法院提出书面异议。
   • 另一种途径是申请再审。如果您认为原判决存在错误，包括未扣除已还款金额等情形，可以在法定期限内向上一级人民法院申请再审。再审过程中，法院会重新审查案件事实，包括还款情况，并据此作出新的判决。

2. 关于时间限制：

   • 执行异议：提出执行异议的期限通常是在执行过程中，一旦发现执行行为存在问题，应尽快向执行法院提出。虽然法律没有明确规定具体的异议期限，但为了及时维护自身权益，建议您在发现问题后立即提出。
   • 申请再审：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，当事人申请再审的期限一般为判决、裁定发生法律效力后六个月内。但请注意，如果存在新证据足以推翻原判决、裁定，或者原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的，或者据以作出原判决、裁定的法律文书被撤销或变更，以及审判人员审理案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为的，自知道或应当知道之日起三个月内提出再审申请。

建议与行动：

• 收集证据：首先，您需要收集所有能够证明已还款的证据，如银行转账记录、收据、聊天记录等，这些证据将对您提出执行异议或申请再审至关重要。
• 咨询专业律师：虽然我已经为您提供了一些基本的法律指导，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您咨询一位专业律师，以便更详细地了解您的权利和义务，以及如何更有效地维护您的合法权益。
• 及时行动：由于法律程序通常都有时间限制，我建议您在发现问题后尽快采取行动，以免错过申请执行异议或再审的期限。

后续思考：

• 在处理此类案件时，除了关注法律程序和时间限制外，还需要考虑如何更有效地与执行法院和对方当事人沟通，以促成问题的妥善解决。
• 同时，您也可以思考如何预防类似问题的再次发生，比如在未来的借贷交易中，更加谨慎地签订合同、保留证据，并在还款后及时要求对方出具收据或确认还款的书面文件。

如果您有任何进一步的疑问或需要更具体的法律指导，请随时向我咨询。