在检察院已提出公诉且员工被停止工作的情况下，工资发放需根据具体情况来确定，以下是不同情形下的工资发放原则：
若员工被刑事拘留或逮捕，但尚未被法院判决有罪
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第二十八条，劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，用人单位在其被限制人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行。暂时停止履行劳动合同期间，用人单位不承担劳动合同规定的相应义务，包括工资支付义务。但需注意，此处的“不支付工资”是暂时性的，且需满足“被限制人身自由”这一前提。
- 特殊情况：若员工被证明无罪或最终未被追究刑事责任，且在此期间未提供正常劳动是由于被限制人身自由而非自身原因，员工有权要求用人单位补发工资或给予相应补偿。
若员工被取保候审、监视居住，或虽被刑事拘留/逮捕但最终未被起诉/判决有罪
- 在这些情况下，员工并未被完全剥夺人身自由，且有可能继续为用人单位提供劳动。若员工实际提供了劳动，用人单位应按劳动合同约定支付工资。
- 若员工因被采取强制措施而未能提供劳动，但用人单位未与其解除劳动合同，且员工最终未被追究刑事责任，员工有权要求用人单位支付其在此期间的工资损失，具体数额可参照劳动合同约定的工资标准或当地最低工资标准。
若员工被法院判决有罪并服刑
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。若用人单位选择解除劳动合同，则无需再支付工资。
- 若用人单位未解除劳动合同，且员工在服刑期间未提供劳动，用人单位通常无需支付工资。但若员工在服刑期间通过特定方式（如远程工作）为用人单位提供了劳动，用人单位应按约定支付相应报酬。
建议与注意事项：
- 用人单位在处理此类情况时，应严格遵守法律法规，避免侵犯员工合法权益。
- 员工在认为自身权益受到侵害时，可及时与用人单位沟通协商，或向劳动监察部门投诉举报，必要时可通过法律途径维护自身权益。
- 具体案件中，工资发放问题可能还受到劳动合同、公司规章制度、地方性法规等多重因素影响，因此在实际操作中需综合考虑各种因素。
如有更多细节或疑问，欢迎直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律建议。