肇事者垫付的医药费发票是否归还，需分情况讨论，具体如下：

1. 若双方已就赔偿事宜达成一致并签署协议：

   • 在这种情况下，发票的归还通常取决于协议的具体内容。如果协议中明确规定了发票的归还方式、时间等细节，那么应当按照协议执行。
   • 如果协议中没有明确提及发票的归还问题，但双方对发票的归属有共识（例如，发票作为赔偿的凭证应归还给肇事者），那么也应遵循这一共识进行归还。
   • 建议：在签署赔偿协议时，务必明确发票的归还问题，以避免后续纠纷。

2. 若双方尚未就赔偿事宜达成一致：

   • 在此情况下，发票作为证明受害者医疗费用支出的重要凭证，对于确定赔偿金额具有关键作用。因此，受害者通常不会轻易将发票归还给肇事者。
   • 肇事者垫付医药费的行为，并不改变发票作为受害者损失证明的性质。在赔偿问题解决前，发票应由受害者保管，以便在需要时提供给相关部门或法院作为证据。
   • 建议：在赔偿问题解决前，受害者应妥善保管发票，并考虑在协商或诉讼过程中，根据实际情况和法律规定，与肇事者就发票的归还或使用进行协商。

3. 若涉及保险理赔：

   • 如果肇事者的车辆购买了交强险或商业险，并且受害者打算向保险公司申请理赔，那么发票的归还问题可能受到保险合同和理赔流程的影响。
   • 通常情况下，保险公司会要求受害者提供发票等医疗费用支出凭证作为理赔的依据。在这种情况下，发票可能需要暂时或永久地交给保险公司。
   • 建议：在涉及保险理赔时，受害者应与保险公司和肇事者进行充分沟通，明确发票的提交、保管和归还等事宜，以确保理赔流程的顺利进行。