结论：医务人员因身体原因不能上夜班是否扣绩效奖金，需分情况讨论，不能一概而论，具体如下：

1. 若劳动合同或医院规章制度有明确规定
   如果劳动合同中明确约定了“医务人员需承担夜班工作，且因个人原因无法履行时，医院有权扣除相应绩效奖金”，或医院规章制度（如《绩效考核管理办法》）中对此有类似规定，且该规定已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、已向员工公示或告知，则医院扣除绩效奖金的行为具有合法性。
   但需注意：即使有规定，扣除比例也需合理。根据《劳动合同法》及相关司法解释，用人单位制定的规章制度不得违反法律、法规的强制性规定，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。若扣除比例过高（如扣除全部绩效奖金），可能被认定为“未及时足额支付劳动报酬”，员工有权要求补发或解除劳动合同并主张经济补偿。

2. 若劳动合同或规章制度无明确规定，或规定违法
   如果劳动合同或医院规章制度中未对“因身体原因不能上夜班是否扣绩效奖金”作出明确规定，或规定本身违反法律（如规定“无论何种原因不能上夜班均扣全部奖金”），则医院无权单方面扣除绩效奖金。此时，员工可依据《劳动合同法》第三十八条“未及时足额支付劳动报酬”为由，要求医院补发奖金，甚至解除劳动合同并主张经济补偿。
   此外，若员工因身体原因属于“工伤”或“职业病”范畴（如长期夜班导致健康受损），根据《工伤保险条例》，医院不仅不能扣奖金，还需承担工伤待遇责任（如医疗费、停工留薪期工资等）。

3. 特殊情况：员工提供医疗证明且医院未调整岗位
   根据《劳动法》《劳动合同法》及《女职工劳动保护特别规定》（如涉及孕期、哺乳期女职工），若员工因身体原因（如疾病、怀孕等）确实无法胜任夜班工作，且已向医院提供合法医疗证明（如病历、诊断书），医院应根据《劳动合同法》第四十条“劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的”之规定，优先调整其至无需夜班的岗位，而非直接扣奖金。
   若医院未调整岗位且强行扣奖金，员工可主张医院“未提供劳动条件”，要求补发奖金并可能解除合同主张补偿。

建议：

• 对员工：保留劳动合同、规章制度、医疗证明、工资条等证据，若被扣奖金，可先与医院协商；协商不成，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  
• 对医院：制定规章制度时需明确“不能上夜班”的具体情形（如短期疾病需提供证明、长期健康问题需调整岗位）及奖金扣除规则，确保合法合规；对确实无法胜任夜班的员工，应及时调整岗位而非简单扣奖金。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。