结论：员工签订最低缴纳社保及公积金的协议是不合法的，该协议自始无效，用人单位和员工均需按照法定标准缴纳社保和公积金。

详细分析：

1. 社保缴纳的法定性
   根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按照职工工资总额的比例缴纳社保费用（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）。“最低缴纳”协议试图通过约定降低缴费基数，直接违反了“按实际工资缴纳”的强制性规定，属于无效条款。即使员工签字同意，该约定也因违法而无效，用人单位仍需补缴差额，并可能面临社保部门处罚（如滞纳金、罚款）。

2. 公积金缴纳的强制性
   依据《住房公积金管理条例》第十八条、第二十条，公积金的缴费基数同样应为职工上一年度月平均工资，单位和职工的缴费比例均不得低于法定最低标准（通常为5%-12%）。若协议约定按最低基数缴纳，同样属于违法约定，协议无效。公积金管理中心有权责令单位限期缴存，逾期不缴的可申请法院强制执行。

3. 员工“自愿放弃”的无效性
   实践中，部分用人单位会要求员工签署《自愿放弃社保/公积金声明》，但此类声明因违反法律强制性规定而无效。社保和公积金是员工的法定权益，不因“自愿放弃”而丧失，用人单位仍需承担补缴责任，甚至可能因未依法缴纳社保被员工以“未提供劳动条件”为由解除劳动合同并主张经济补偿金（《劳动合同法》第三十八条、第四十六条）。

4. 用人单位的法律风险

   • 行政处罚：社保部门可责令补缴，并自欠缴之日起按日加收万分之五的滞纳金（《社会保险法》第八十六条）；公积金管理中心可责令限期缴存，逾期不缴的处1万元以上5万元以下罚款（《住房公积金管理条例》第三十七条）。
     
   • 劳动仲裁/诉讼风险：员工可要求用人单位补缴社保/公积金差额，或以“未依法缴纳社保”为由解除劳动合同并主张经济补偿金。
     
   • 税务风险：若用人单位通过“低报工资”减少社保缴费，可能被税务部门认定为“隐瞒收入”，面临补税、罚款等风险。

建议：

• 对用人单位：务必按照员工实际工资总额申报社保和公积金缴费基数，避免因违法约定导致补缴、罚款及劳动纠纷。
  
• 对员工：若已签署此类协议，可向当地社保局、公积金管理中心投诉要求补缴，或通过劳动仲裁主张权益。此类协议无效，不影响你依法维权。
  

如有进一步疑问（如具体补缴流程、证据收集等），可直接向我咨询，我会结合你的实际情况详细解答。