结论：公司签协议按最低工资缴纳五险一金一般不合法，但存在特殊情况。以下分情况详细说明：

1. 从法律规定角度
   • 根据我国相关法律法规，五险一金的缴费基数通常应按照职工上一年度月平均工资来确定。这里的月平均工资是指职工在法定工作时间内提供了正常劳动的情况下，用人单位应支付的工资报酬总额，包括基本工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。
   • 当职工工资低于当地社会平均工资60%时，按照社会平均工资的60%作为缴费基数；当职工工资高于当地社会平均工资300%时，按照社会平均工资的300%作为缴费基数。而最低工资标准是政府规定的劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。它一般低于社会平均工资的60%，所以公司直接按最低工资缴纳五险一金，不符合法律规定的缴费基数确定方式，是不合法的。
2. 从协议效力角度
   • 即使公司与员工签订了按最低工资缴纳五险一金的协议，这种协议也是无效的。因为社会保险的缴纳基数和比例是由法律法规明确规定的，具有强制性，用人单位和劳动者不能通过协议的方式随意变更。这种协议违反了法律的强制性规定，损害了劳动者的合法权益，根据《中华人民共和国民法典》中关于民事法律行为效力的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，所以该协议自始不具有法律效力。
3. 特殊情况
   • 存在一些特殊情况，比如新入职员工，在入职当月工作时间较短，可能无法准确计算出上一年度月平均工资，此时有些地区可能会允许按照一定的规则，以最低工资等作为临时缴费基数，但在后续月份会根据实际工资情况进行调整。不过这种情况只是暂时的，并非长期按最低工资缴纳。

如果公司存在按最低工资缴纳五险一金的情况，劳动者可以先与公司协商解决，要求公司按照法律规定调整缴费基数；如果协商不成，可以向当地的社会保险经办机构或劳动监察部门投诉举报，维护自己的合法权益。要是你还有其他关于劳动法律方面的问题，可以直接向我咨询。