核心结论：若您与公司签订的是合作协议而非劳动合同，发生工伤后能否按工伤赔偿需分情况讨论，关键在于双方是否构成事实劳动关系；若构成劳动关系，可享受工伤保险待遇；若不构成，则按人身损害赔偿处理。以下是具体分析：

1. 若合作协议被认定为“劳动关系”，可主张工伤赔偿

根据《工伤保险条例》，工伤赔偿的前提是双方存在劳动关系。若您虽签订合作协议，但实际履行中符合劳动关系的特征（如接受公司管理、从事公司安排的工作、公司支付劳动报酬等），可能被认定为“事实劳动关系”。此时：

• 赔偿流程：
  1. 申请工伤认定：自事故发生之日起1年内，向公司所在地社保部门提出申请（需提供劳动关系证明、医疗诊断证明等）；
  2. 劳动能力鉴定：伤情稳定后，申请伤残等级鉴定；
  3. 主张赔偿：根据鉴定结果，要求公司支付医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等（若公司未缴社保，由公司承担全部费用）。
• 关键证据：工资支付记录、考勤记录、工作证、同事证言等，证明您接受公司管理且从事公司业务。

2. 若合作协议被认定为“民事合作关系”，按人身损害赔偿处理

若双方明确约定为合作关系（如独立承包、承揽等），且您自主安排工作、自担风险，则可能被认定为民事合同关系，不适用工伤赔偿。此时：

• 赔偿依据：根据《民法典》第1179条，公司作为定作人或合作方，若存在过错（如未提供安全条件、指示错误等），需承担相应赔偿责任；若您自身过错导致，可能减轻或免除公司责任。
• 赔偿范围：包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金等（按过错比例分担）。
• 关键证据：合作协议文本、事故现场照片、沟通记录等，证明公司是否存在过错。

3. 实务建议：如何维护权益？

• 第一步：固定证据：立即保存合作协议、工资记录、工作沟通记录、医疗单据等，避免证据灭失；
• 第二步：申请劳动关系认定：向劳动仲裁委申请确认劳动关系（若公司否认），这是主张工伤赔偿的关键；
• 第三步：协商或诉讼：根据认定结果，与公司协商赔偿；协商不成，可申请劳动仲裁（工伤赔偿）或直接起诉（人身损害赔偿）。

温馨提示：合作协议的名称不影响实质法律关系，关键看实际履行情况。若您对协议性质或赔偿流程有疑问，可直接向我提供协议内容及工作细节，我会进一步分析并指导您操作。