结论：高标准农田工程在耕田里大量堆放石头，您是有权提出异议并阻止的，但具体方式需根据实际情况和法律规定来操作。
分析说明：
从土地使用性质角度：
- 耕田是用于农业生产的土地，其使用性质受到法律的严格保护。根据《土地管理法》等相关法律法规，任何改变土地用途或对土地进行破坏性使用的行为，都需要经过相关部门的批准，并符合土地利用总体规划和城乡规划。
- 如果高标准农田工程在耕田里大量堆放石头，这很可能改变了土地的使用性质，影响了耕地的农业生产功能，甚至可能对土地造成永久性损害。因此，您有权基于土地使用性质的保护，提出异议并阻止这种行为。
从环境保护角度：
- 大量堆放石头可能对耕田的土壤结构、排水系统等造成破坏，进而影响周边的生态环境。根据《环境保护法》等相关法律法规，任何单位和个人都有保护环境的义务，不得破坏生态环境。
- 如果高标准农田工程的行为确实对环境造成了破坏，您不仅可以提出异议，还可以向相关部门举报，要求其采取措施进行整改。
从相邻权角度：
- 如果堆放石头的行为对您的相邻权造成了侵害，比如影响了您的排水、通风、采光等，您也有权基于相邻权的规定，提出异议并要求停止侵害。
- 相邻权是法律赋予相邻不动产权利人之间的一种权利，旨在保障不动产的正常使用和相邻关系的和谐稳定。
行动建议：
- 与施工方沟通：首先，您可以尝试与施工方进行沟通，了解其堆放石头的原因和目的，并表达您的担忧和异议。如果施工方能够给出合理的解释和解决方案，比如及时清理石头、恢复土地原状等，那么问题可能得到妥善解决。
- 向相关部门举报：如果沟通无果，或者施工方的行为确实违反了法律法规，您可以向当地的土地管理部门、环保部门或农业部门等相关部门进行举报。相关部门在接到举报后，会进行调查核实，并根据情况采取相应的措施。
- 寻求法律援助：如果问题仍然无法得到解决，或者您认为自己的合法权益受到了严重侵害，您可以考虑寻求法律援助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和诉讼服务，帮助您维护自己的合法权益。
后续思考：
- 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，比如照片、视频、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
- 同时，您也可以关注当地关于高标准农田建设的相关政策和规定，了解自己的权利和义务，以便更好地维护自己的合法权益。
如果您有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。