结论：建高标准农田修沟渠在农民土地上堆放石头和土还碾压土地，这一行为是否违法，需根据具体情况判断，若未依法取得土地使用权或未按照法定程序进行，则可能构成违法。以下从不同角度进行分析：

一、土地使用权角度

1. 若土地为农民合法承包或拥有使用权：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农民对其承包的土地或依法取得使用权的土地享有占有、使用、收益和处分的权利。
   • 若建高标准农田修沟渠的行为未经农民同意，擅自在其土地上堆放石头和土并碾压土地，这侵犯了农民的土地使用权，农民有权要求停止侵害、恢复原状，并可能要求赔偿损失。

2. 若土地为集体所有，但农民享有承包经营权：

   • 集体所有的土地，由集体经济组织或者村民委员会代表集体行使所有权。农民作为集体成员，对土地享有承包经营权。
   • 若建高标准农田修沟渠的行为是集体经济组织或政府为了公共利益而进行的，且已依法办理了相关手续（如土地征收、临时用地许可等），则可能不构成违法。但在此情况下，应给予农民合理的补偿。

二、程序合法性角度

1. 未依法办理相关手续：

   • 若建高标准农田修沟渠的行为未依法办理土地征收、临时用地许可等手续，则可能构成违法用地行为。
   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。

2. 已依法办理相关手续：

   • 若建高标准农田修沟渠的行为已依法办理了土地征收、临时用地许可等手续，且符合土地利用总体规划和城乡规划，则可能不构成违法。
   • 但在此情况下，应确保农民的合法权益得到充分保障，如给予合理的补偿、安置等。

三、实际损害角度

• 无论是否依法办理了相关手续，若建高标准农田修沟渠的行为对农民的土地造成了实际损害（如土地破坏、农作物损失等），则农民有权要求赔偿损失。
• 赔偿范围应包括直接损失（如农作物损失、土地修复费用等）和间接损失（如因土地无法耕种而导致的收入减少等）。

建议：

• 若您遇到此类情况，首先应确认建高标准农田修沟渠的行为是否已依法办理了相关手续。
• 若未办理手续或手续不合法，您有权向当地自然资源主管部门举报，并要求停止侵害、恢复原状、赔偿损失。
• 若已办理手续但您认为补偿不合理或存在其他争议，您可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。

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