结论：在明知是冤案且公务员选择抗争、不向检察院投案的情况下，是否算旷工需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
旷工的定义与认定：
- 旷工通常指的是员工无正当理由未按照规定时间到岗工作，或者未经批准擅自离岗的行为。在公务员体系中，旷工同样是一个严肃的纪律问题，可能涉及行政处分甚至更严重的法律后果。
公务员抗争与冤案的关系：
- 如果公务员认为自身或他人遭遇冤案，并选择通过合法途径进行抗争（如申诉、控告等），这是其作为公民和公务员的合法权利。然而，抗争的方式必须合法，不能违反工作纪律或法律法规。
不向检察院投案与旷工的关系：
- 若公务员因抗争而拒绝到岗工作：如果公务员以抗争冤案为由，未经批准擅自不到岗工作，这很可能被认定为旷工。因为无论抗争的理由多么充分，都不能成为违反工作纪律的借口。公务员应当通过合法途径表达诉求，而不是以旷工的方式抗争。
- 若公务员在抗争过程中仍保持到岗但拒绝执行特定任务：如果公务员虽然到岗工作，但拒绝执行与冤案相关的特定任务（如向检察院投案），这通常不被直接认定为旷工。然而，这种行为可能违反工作纪律或职业道德，具体取决于公务员的职责和任务要求。如果公务员的职责包括配合司法机关的调查或执行相关任务，而其拒绝执行，则可能面临纪律处分。
- 若公务员在抗争过程中有合法理由不到岗：如果公务员能够提供合法理由（如病假、事假等）并经过批准不到岗工作，那么即使其正在抗争冤案，也不应被认定为旷工。
法律后果与建议：
- 法律后果：旷工可能面临行政处分，如警告、记过、降级、撤职等。在严重情况下，甚至可能涉及刑事责任（如玩忽职守罪等，但这种情况较为罕见且需满足特定条件）。
- 建议：公务员在面对冤案时，应当通过合法途径表达诉求，如向相关部门申诉、控告或寻求法律援助等。同时，应当遵守工作纪律和法律法规，不得以旷工或其他违法方式抗争。如果公务员认为自身权益受到侵害，可以咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律建议和支持。
进一步思考：
- 公务员在抗争冤案时，除了考虑法律后果外，还应考虑抗争的方式和效果。合法、有序、理性的抗争更有可能得到社会的理解和支持，也更容易实现抗争的目标。
- 如果公务员在抗争过程中遇到困难或阻碍，可以寻求同事、上级、专业律师或相关机构的帮助和支持。这些力量可以共同为公务员提供法律援助和道德支持，推动问题的解决。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。