关于发承包双方约定税金不是9%是否有效的问题，结论是：该约定是否有效需结合具体情况判断，主要取决于约定内容是否违反法律强制性规定、是否损害国家或第三方利益，以及是否属于双方真实意思表示。以下从不同角度展开分析：

1. 若约定不违反法律强制性规定，且未损害国家或第三方利益，则有效

• 法律依据：根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：（1）行为人具有相应的民事行为能力；（2）意思表示真实；（3）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
  
• 分析：建设工程合同中，税金条款属于双方对合同价款的组成部分，若双方约定税金比例（如非9%）未违反税法等强制性规定（如增值税税率由税法明确，但合同可约定税金承担方或计算方式），且未损害国家税收利益或第三方权益，则该约定有效。
  
• 示例：若合同约定“税金按实际缴纳比例计算，由承包方承担”，即使实际税率非9%，只要符合税法规定，该条款有效。

2. 若约定违反法律强制性规定或损害国家利益，则无效

• 法律依据：根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
  
• 分析：若双方约定“税金按9%计算，但实际不缴纳税款”或“通过虚假交易降低税负”，此类约定因逃避税收义务、损害国家利益而无效。此外，若合同约定的税金比例与税法规定的税率直接冲突（如约定增值税率为5%，但税法规定为9%），且未明确约定税金承担方或计算方式，可能因违反税法强制性规定而无效。
  
• 示例：若合同约定“发包方按9%支付税金，但承包方无需开具发票”，此类约定因涉嫌偷逃税款而无效。

3. 若约定存在歧义或未明确税金计算方式，可能引发纠纷

• 分析：若合同仅约定“税金非9%”，但未明确具体比例、计算方式或承担方，可能因约定不明导致双方对合同价款产生争议。此时，需结合合同其他条款、交易习惯或补充协议确定税金承担方式。
  
• 建议：为避免纠纷，合同中应明确税金比例、计算方式（如“税金按实际缴纳的增值税率计算”）及承担方（如“由发包方承担”）。

4. 特殊情形：税金调整与合同变更

• 分析：若合同履行过程中，税法规定税率发生变化（如增值税率从9%调整为6%），双方可协商变更合同税金条款。若未协商一致，根据《民法典》第533条，因情势变更导致继续履行显失公平的，受不利影响方可请求法院或仲裁机构变更或解除合同。
  
• 示例：合同签订时增值税率为9%，履行中税率调整为6%，承包方可主张按新税率计算税金，但需证明税率调整导致其利益显著失衡。

总结建议：

1. 审查合同条款：确认税金约定是否明确、合法，避免模糊表述或违反税法规定。
   
2. 关注税法变化：合同履行中若税率调整，及时协商变更条款或通过法律途径解决争议。
   
3. 保留证据：如发票、付款记录等，以证明税金实际缴纳情况。
   

若您有具体合同条款或纠纷细节，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供进一步分析。