员工在上级指示下违规回注未经处理的采出水，这一行为本身是违法的。以下从多个角度进行详细分析：

1. 员工行为的违法性：

   • 根据相关法律法规，任何单位和个人都不得违法排放污染物，包括未经处理的采出水。员工作为具体执行者，若明知回注未经处理的采出水是违法行为，仍按照上级指示执行，那么员工的行为就构成了违法。
   • 即便员工是在上级的指示下进行操作，但这并不能成为免除其法律责任的理由。员工在执行任务时，有义务对任务的合法性进行判断，并在发现违法行为时拒绝执行或向上级报告。

2. 上级指示的违法性：

   • 上级指示员工违规回注未经处理的采出水，这一行为同样违法。上级作为管理者，应当对下属的行为进行合法性审查，并确保下属的行为符合法律法规的要求。
   • 如果上级明知回注未经处理的采出水是违法行为，仍指示员工执行，那么上级不仅应当承担管理责任，还可能因共同违法而承担相应的法律责任。

3. 可能的法律后果：

   • 对于员工而言，如果因其违规回注未经处理的采出水而导致环境污染等严重后果，员工可能会面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
   • 对于上级而言，如果因其指示员工违规回注未经处理的采出水而导致严重后果，上级同样可能会面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。此外，上级还可能因管理不善而承担内部纪律处分。

4. 法律建议：

   • 作为员工，在面对上级的违法指示时，应当坚决拒绝执行，并及时向上级或相关部门报告。同时，员工也可以保留相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。
   • 作为上级，应当加强对下属的管理和培训，确保下属的行为符合法律法规的要求。同时，上级也应当对自身的行为进行合法性审查，避免因违法指示而承担法律责任。

行动建议：如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议立即停止违法行为，并向相关部门报告。同时，也可以咨询专业律师（即我本人，储英芳律师，专注于医疗事故赔偿、工伤赔偿领域），以获取更具体的法律建议和帮助。在处理此类问题时，务必确保自身行为的合法性，以避免不必要的法律风险。