结论：请假三天扣除三天社保的做法通常不合法，但需结合具体情况分析。以下从不同角度展开说明：

1. 社保缴纳的法定义务

根据《社会保险法》和《劳动合同法》，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。社保缴纳是法定义务，与劳动者是否出勤无直接关联。即使劳动者请假（包括事假、病假等），用人单位仍需为其缴纳社保，不得以“请假”为由暂停或扣除社保费用。

2. 请假与工资的关系

• 事假：劳动者因个人原因请假，用人单位可不支付当天工资，但社保费用仍需由双方按比例承担（单位承担单位部分，个人承担个人部分）。若单位从劳动者工资中代扣个人部分社保，需确保扣除后工资不低于当地最低工资标准。
• 病假：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，劳动者在医疗期内享受病假工资（不得低于当地最低工资的80%），且社保缴纳义务不变。
• 其他假期（如年假、婚假、产假等）：劳动者依法享受带薪假期，单位需正常支付工资并缴纳社保。

3. 单位可能存在的违法行为

若单位以“请假三天”为由直接扣除三天社保（包括单位应承担部分），可能涉及以下违法情形：

• 未依法缴纳社保：违反《社会保险法》第60条，可能面临补缴、罚款等行政责任。
• 克扣工资：若单位将社保费用转嫁给劳动者（如要求劳动者全额承担单位应缴部分），可能违反《工资支付暂行规定》第15条，劳动者可要求单位返还。

4. 劳动者如何维权

• 与单位协商：要求单位出示内部规章制度（如考勤制度、薪资制度），确认其合法性。
• 投诉举报：向当地社保部门或劳动监察大队投诉，要求单位补缴社保或返还克扣费用。
• 申请仲裁：若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张单位违法并要求赔偿。

5. 例外情形

极少数情况下，若劳动者与单位签订的劳动合同或规章制度中明确约定“请假超过一定天数需自行承担社保费用”，且该约定不违反法律强制性规定（如未低于最低工资标准），可能被认定为有效。但此类条款在实践中极易引发争议，需结合具体条款和地方司法实践判断。

建议：若您遇到此类情况，可先与单位沟通明确扣除社保的具体依据；若单位无法提供合法理由，可进一步通过法律途径维权。如有其他细节需要补充，欢迎随时向我咨询。