应急管理部门可依据《中华人民共和国安全生产法》及相关法规，对发生3人死亡事故的规模化企业采取以下处罚措施：

1. 行政处罚

   • 罚款：根据《安全生产法》第114条，发生一般事故（3人以下死亡）的，对单位处30万-100万元罚款；但若事故被认定为较大事故（3-10人死亡），罚款上限可提升至200万元。具体金额需结合事故性质、企业过错程度及地方细则确定。
     
   • 停产整顿：若企业存在重大安全隐患或未落实整改措施，应急管理部门可责令暂时停产停业，直至隐患消除。
     
   • 吊销许可证：对严重违法或多次违规的企业，可吊销安全生产许可证、经营许可证等资质。
     
   • 列入“黑名单”：将企业纳入安全生产失信联合惩戒名单，影响其招投标、融资等经营活动。

2. 刑事责任追究

   • 若事故因企业直接责任导致（如违规操作、隐瞒隐患），相关责任人可能涉嫌《刑法》第134条重大责任事故罪或第135条重大劳动安全事故罪，面临3年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处3-7年有期徒刑。
     
   • 刑事责任主体包括企业主要负责人、直接负责的主管人员及其他责任人员。

3. 其他措施

   • 约谈与通报：应急管理部门可约谈企业负责人，并在行业内通报事故情况，形成舆论压力。
     
   • 赔偿与善后：企业需依法承担对死者家属的民事赔偿责任（如工亡补助金、丧葬费等），并配合政府做好善后工作。
     

关键点提示：

• 事故等级认定（一般/较大）直接影响处罚力度，需以政府调查报告为准。
  
• 企业若已履行安全生产法定职责（如培训、隐患排查等），可能减轻处罚，但需提供充分证据。
  
• 处罚程序需严格遵循《行政处罚法》，企业有权申请听证或行政复议。
  

如有进一步细节（如事故原因、企业行业类型等），可补充说明以便更精准分析。