当企业发生安全事故导致三人死亡时，事故的处理主要由多个部门协同执行，具体如下：
应急管理部门（或安全生产监督管理部门）：
- 事故报告与初步调查：企业发生安全事故后，应立即向事故发生地的县级以上人民政府应急管理部门（或原安全生产监督管理部门）报告。应急管理部门在接到报告后，会迅速组织初步调查，了解事故的基本情况。
- 事故调查组的成立与调查：对于较大及以上事故（包括死亡三人及以上的事故），应急管理部门会牵头成立事故调查组，成员可能包括政府、安监、监察、公安、工会等多方代表，并可聘请专家参与。调查组将深入事故现场，收集证据，查明事故原因、经过、损失情况等，并提出防范和整改措施建议。
公安机关：
- 现场保护与证据收集：公安机关在接到事故报告后，会迅速派员赶赴现场，负责保护事故现场，防止证据被破坏或丢失。同时，公安机关会协助应急管理部门进行事故调查，收集相关证据。
- 刑事责任追究：如果事故涉及刑事犯罪（如重大责任事故罪、重大劳动安全事故罪等），公安机关将依法立案侦查，追究相关责任人的刑事责任。
劳动保障部门（或人力资源和社会保障部门）：
- 工伤认定与赔偿：对于事故中死亡的职工，劳动保障部门将负责进行工伤认定，并监督企业按照相关法律法规支付工伤保险待遇和民事赔偿。
其他相关部门：
- 根据事故性质和涉及领域：还可能涉及环保部门（如事故导致环境污染）、交通部门（如事故涉及交通运输）等其他相关部门的参与和处理。
在处理过程中，企业应承担的责任和义务包括：
- 立即报告与启动应急预案：企业应立即向相关部门报告事故，并迅速启动生产安全事故应急救援预案，组织抢救遇险人员，保护事故现场。
- 配合事故调查：企业应积极配合事故调查组的工作，如实提供事故相关情况和资料，不得干扰或阻挠调查。
- 承担法律责任与民事赔偿：根据事故调查结果，企业可能需要承担行政责任、刑事责任以及民事赔偿责任。企业应依法履行赔偿义务，确保死者家属得到及时、合理的赔偿。
- 整改与预防措施：企业应针对事故原因和暴露出的问题，立即开展全面的安全隐患排查工作，制定详细的整改方案，并及时进行整改。同时，加强员工安全教育培训，提高员工的安全意识和操作技能，防止类似事故再次发生。
法律后果提示：
- 如果企业未按照规定报告事故或未配合事故调查，将可能面临行政处罚，甚至可能构成犯罪，被追究刑事责任。
- 如果企业未履行安全生产管理职责导致事故发生，企业主要负责人将可能面临撤职处分、罚款以及限制担任生产经营单位主要负责人的处罚。
企业在面对此类安全事故时，应高度重视并积极配合相关部门的处理工作，确保事故得到妥善处理，并采取有效措施防止类似事故再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。