法院可以直接依据《保障农民工工资支付条例》要求总包单位支付工资，但需满足法定条件。具体分析如下：

1. 法律授权的直接适用性
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十条，若分包单位拖欠农民工工资，总包单位需先行清偿，清偿后可依法追偿。该条款属于行政法规的强制性规定，法院在审理相关案件时，可直接援引此条款作为裁判依据，要求总包单位承担支付责任。例如，在分包单位失联或无力支付时，法院可直接判决总包单位垫付工资。

2. 程序衔接与证据要求
   法院适用该条款需以农民工已通过劳动监察投诉或仲裁程序确认欠薪事实为前提。若农民工直接起诉总包单位，需提供劳动合同、工资欠条、考勤记录等证据证明劳动关系及欠薪金额。若涉及工程款纠纷，法院可能要求农民工先通过劳动争议仲裁确认债权，再通过执行程序向总包单位主张权利。

3. 总包单位的抗辩权
   总包单位可通过以下理由抗辩：

   • 已按合同约定足额支付工程款给分包单位；
     
   • 农民工与分包单位存在虚假劳动关系；
     
   • 欠薪金额存在争议（如已支付部分工资）。
     若总包单位能证明已尽到监管职责（如设立农民工工资专用账户、监督分包单位发放工资等），法院可能减轻其责任。

4. 与《民法典》的衔接
   若总包单位与分包单位签订的合同中明确约定工资支付责任由分包单位承担，该约定仅对双方有效，不得对抗农民工。法院仍可依据《保障农民工工资支付条例》突破合同相对性，直接判决总包单位支付工资，但总包单位支付后可依据合同向分包单位追偿。

实务建议：

• 对农民工：保留工资条、考勤记录等证据，优先向劳动监察部门投诉（效率更高），若未解决再起诉总包单位；
  
• 对总包单位：加强分包单位资质审查，设立工资专用账户并监督发放，保留工程款支付凭证以备抗辩。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据情况提供更精准的分析。