针对您提出的“员工不肯办健康证怎么办”的问题，这确实是一个需要重视且需依法依规处理的事项。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确的是，对于某些特定岗位，如食品生产经营、公共场所直接为顾客服务等，法律是明确规定从业人员必须持有健康证明的。这是为了保障公共卫生安全，防止疾病传播，保护消费者权益。

一、法律责任与后果

1. 对于用人单位：如果未按照法律规定要求员工办理健康证明，用人单位将可能面临法律责任。例如，根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，食品生产经营者安排未取得健康证明的人员从事接触直接入口食品的工作，将受到警告、罚款，甚至责令停产停业、吊销许可证的处罚。同样，根据《公共场所卫生管理条例》及其实施细则，公共场所经营者安排未获得有效健康合格证明的从业人员从事直接为顾客服务工作的，也将受到相应的行政处罚。

2. 对于员工个人：员工如果拒绝办理健康证明，可能面临无法上岗工作的后果，因为持有健康证明是从事某些特定岗位的必要条件。

二、实务操作建议

1. 沟通解释：首先，与员工进行充分的沟通，解释办理健康证明的重要性和必要性，以及不办理可能带来的法律后果和职业风险。

2. 统一安排：为了方便员工并确保体检的真实性，用人单位可以统一指定与本单位有合作的医院进行入职体检，或者明确限定体检医院的资质要求，要求员工自行体检时提交完整的体检报告。

3. 制度规定：在用人单位的规章制度中明确规定，办理健康证明是员工入职或继续工作的必要条件之一，对于拒绝办理的员工，用人单位有权按照规章制度进行处理，如不予录用、解除劳动合同等。

4. 法律途径：如果员工仍然拒绝办理健康证明，且该岗位属于法律明确规定必须持证上岗的岗位，用人单位可以考虑通过法律途径解决，如向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

三、注意事项

1. 尊重员工权益：在处理过程中，要尊重员工的合法权益，避免侵犯员工的人身权、隐私权等。

2. 合法合规操作：用人单位的所有操作都要符合法律法规的规定，避免因操作不当而引发法律纠纷。

综上所述，员工不肯办健康证是一个需要依法依规处理的问题。用人单位应通过沟通解释、统一安排、制度规定等方式引导员工办理健康证明，对于拒绝办理且属于必须持证上岗岗位的员工，用人单位有权按照规章制度和法律进行处理。希望这些建议能对您有所帮助。