关于药店规定执业药师辞职必须提前三个月申请是否合理的问题，这主要涉及到的是劳动合同或雇佣合同中的条款设定，而非直接由《执业药师注册管理办法》或相关执业资格制度规定。不过，我可以从相关法规和一般劳动法的角度，为您提供一些分析和建议。

首先，我们需要明确的是，执业药师的注册管理主要关注的是执业药师的资格获取、注册、继续教育以及监督管理等方面，它并不直接规定执业药师与雇主之间的劳动合同条款。因此，药店规定执业药师辞职必须提前三个月申请，这一要求并不直接来源于执业药师的注册管理法规。

接下来，我们来看这一要求是否合理。在劳动法框架下，员工辞职的通知期通常是由劳动合同或公司规章制度来规定的。一般来说，劳动合同中会明确员工辞职需要提前多少天通知雇主，这个通知期的长短可能因公司政策、行业惯例或地区法律而有所不同。如果药店与执业药师签订的劳动合同中明确规定了辞职需提前三个月通知，并且这一条款不违反当地劳动法的强制性规定，那么这一要求在法律上是可行的。

然而，从实际操作和合理性的角度来看，提前三个月通知辞职可能对于执业药师来说较为苛刻。通常，一个月的通知期已经足够雇主进行人员调整和招聘新员工。因此，药店在设定这一条款时，应充分考虑员工的实际情况和合理需求，避免设定过于严苛的通知期。

如果执业药师认为药店规定的辞职通知期过长或不合理，可以尝试与药店进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，执业药师还可以咨询当地劳动监察部门或法律援助机构，了解自己的权益和可能的维权途径。

总的来说，药店规定执业药师辞职必须提前三个月申请是否合理，取决于劳动合同中的具体条款以及当地劳动法的规定。在设定和执行这一条款时，药店应充分考虑员工的合理需求和实际情况，确保条款的合法性和合理性。