结论：被起诉后，无证厂房签协议租出去，该厂房仍有可能被执行。以下从多个角度进行分析：
一、法律执行的基本原则
在法律执行过程中，法院有权对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结或拍卖等措施，以强制其履行法律义务。这一原则适用于所有合法或非法的财产，只要该财产与被执行人的法律责任有关联。
二、无证厂房的法律地位
无证厂房，即未取得合法建设手续或产权证书的建筑物，其法律地位存在瑕疵。然而，这并不意味着该厂房完全不受法律保护或无法被执行。在执行过程中，法院会综合考虑多种因素，包括厂房的实际使用情况、被执行人的法律责任等，来决定是否对该厂房采取执行措施。
三、租赁协议对执行的影响
租赁协议的有效性：
- 如果租赁协议是在被起诉前签订的，且协议内容合法有效，那么租赁关系在法律上是被认可的。然而，这并不影响法院对厂房的执行，因为租赁关系不能对抗法院的强制执行权。
- 如果租赁协议是在被起诉后签订的，且被执行人明知自己可能面临法律责任而故意转移财产或逃避执行，那么该租赁协议可能被视为恶意串通或妨碍执行的行为，从而被法院认定无效。
租赁协议的执行障碍：
- 即使租赁协议有效，法院在执行时也可能面临一些实际障碍，如承租人的权益保护问题。根据相关法律规定，承租人在租赁期间享有占有、使用租赁物的权利，且该权利在一定程度上可以对抗出租人的债权人。然而，这种对抗并非绝对，法院在执行时可能会根据具体情况平衡各方利益。
四、可能的执行措施
查封与拍卖：
- 法院有权对无证厂房进行查封，并评估其价值后进行拍卖。拍卖所得款项将用于履行被执行人的法律义务。
强制管理：
- 在某些情况下，法院可能会指定管理人对厂房进行强制管理，以收取租金等方式履行被执行人的法律义务。
对承租人的处理：
- 如果厂房被执行，承租人可能会面临租赁关系终止、搬迁等后果。然而，承租人也有权根据租赁协议和相关法律规定向出租人主张权利，如要求赔偿损失等。
五、建议与风险提示
对于被执行人：
- 如果面临法律诉讼和执行风险，建议尽快与债权人协商解决方案，避免财产被执行带来的更大损失。
- 在签订租赁协议前，应充分了解厂房的法律地位和潜在风险，避免因租赁协议无效或妨碍执行而承担法律责任。
对于承租人：
- 在签订租赁协议前，应仔细审查出租人的产权证明和合法建设手续，确保租赁关系的合法性。
- 如果发现出租人可能面临法律诉讼和执行风险，应谨慎考虑是否继续租赁该厂房，并做好风险防范措施。
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