结论是：厂房有租户还在使用的情况下，法院仍可以执行，但执行方式及租户权益保护需根据具体情况处理。以下是详细分析：

1. 执行依据与原则
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院执行针对的是被执行人的财产权益，而非物理占有状态。若厂房所有权归被执行人（如房东），即使租户在租期内合法使用，法院仍可对该厂房进行查封、拍卖等执行措施。但执行过程中需遵循“不破租赁”原则，即租赁合同在查封前已成立且合法的，租户有权在租赁期内继续使用厂房。

2. 租户权益保护

   • 查封阶段：法院查封厂房时，应通知租户并告知其权利义务。租户可提出执行异议，主张租赁权优先于抵押权或其他债权（需以书面合同及实际占有为前提）。
     
   • 拍卖阶段：若厂房被拍卖，新所有权人需继承原租赁合同，租户可继续使用至合同期满。但若租户存在违约行为（如拖欠租金），新所有权人可依法解除合同。
     
   • 执行异议之诉：租户认为执行行为侵害其权益的，可向法院提起案外人执行异议之诉，请求中止对厂房的执行。

3. 执行中的特殊情形

   • 租赁合同无效或未登记：若租赁合同未备案或存在恶意串通（如被执行人与租户虚构租赁关系），法院可能认定租赁权不成立，排除租户继续使用厂房的权利。
     
   • 以租抵债协议：若被执行人与租户约定以租金抵偿债务，此类协议可能被认定为流押条款而无效，不影响法院执行。
     
   • 优先购买权：租户在同等条件下享有优先购买权，但需在拍卖公告期内向法院主张。

4. 实务建议

   • 对申请执行人：执行前应调查厂房租赁情况，评估租户权益对执行价值的影响。若租赁关系合法，可考虑与租户协商提前解约或调整租金分配方案。
     
   • 对租户：保留租赁合同、付款凭证等证据，及时向法院主张权利。若遇非法驱赶，可报警或通过诉讼维护使用权。
     
   • 对被执行人：若希望通过租赁延缓执行，需确保合同真实、合法，避免因虚构租赁被追究法律责任。

总结：法院执行厂房不因租户使用而必然中止，但需平衡申请执行人债权与租户使用权。具体操作中，建议各方依据合同条款、执行阶段及证据情况，通过法律程序明确权利义务。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。