结论：在公司上班受伤被认定为工伤，但申请赔偿的公司为外包公司，这种情况对以后的赔偿确实可能产生影响，具体影响取决于多个因素，包括外包关系的性质、劳动合同的签订情况以及工伤认定的具体程序等。下面我将从不同角度详细分析这一问题。
一、外包关系对工伤赔偿的影响
法律责任主体：
- 在外包关系中，如果劳动者与外包公司签订了劳动合同，并且外包公司是合法的用工主体，那么根据《工伤保险条例》等相关法律法规，外包公司应当承担工伤赔偿责任。
- 如果劳动者实际上是与发包公司（即实际使用劳动者的公司）存在事实劳动关系，而外包公司只是形式上的用工单位，那么在工伤赔偿方面，可能会涉及发包公司和外包公司之间的责任划分问题。这种情况下，可能需要通过法律途径来确定最终的责任承担者。
赔偿程序：
- 无论责任主体是外包公司还是发包公司，劳动者在发生工伤后，都应当首先进行工伤认定。工伤认定是享受工伤保险待遇的前提条件。
- 在工伤认定过程中，劳动者需要提供与用人单位（可能是外包公司或发包公司）存在劳动关系的证明材料。如果劳动关系存在争议，可能需要通过劳动仲裁或诉讼来解决。
- 一旦工伤认定完成，劳动者就可以根据认定结果向责任主体（外包公司或发包公司）主张工伤赔偿。
二、不同情况下的赔偿建议
与外包公司签订劳动合同：
- 如果劳动者与外包公司签订了劳动合同，并且外包公司是合法的用工主体，那么劳动者可以直接向外包公司主张工伤赔偿。
- 在这种情况下，劳动者应当确保自己的劳动合同、工资单、工作证等证明劳动关系的材料齐全，以便在工伤认定和赔偿过程中提供有力的证据。
与发包公司存在事实劳动关系：
- 如果劳动者实际上是与发包公司存在事实劳动关系，而外包公司只是形式上的用工单位，那么劳动者可能需要先通过法律途径确认与发包公司的劳动关系。
- 在确认劳动关系后，劳动者可以向发包公司主张工伤赔偿。如果发包公司拒绝赔偿或双方对赔偿金额存在争议，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼来解决。
三、注意事项
及时申请工伤认定：
- 劳动者在发生工伤后，应当尽快向所在地的社会保险行政部门提出工伤认定申请。工伤认定申请的时效一般为一年，自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起计算。
保留相关证据：
- 劳动者在工伤发生后，应当保留好与工伤相关的所有证据，包括医疗记录、劳动合同、工资单、工作证等。这些证据在工伤认定和赔偿过程中将起到至关重要的作用。
寻求专业帮助：
- 如果劳动者在工伤赔偿过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据劳动者的具体情况提供法律咨询和法律援助，帮助劳动者维护自己的合法权益。
总结：在公司上班受伤被认定为工伤，但申请赔偿的公司为外包公司时，对以后的赔偿可能产生影响。具体影响取决于外包关系的性质、劳动合同的签订情况以及工伤认定的具体程序等。劳动者应当根据自己的实际情况，及时申请工伤认定，保留好相关证据，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。