结论：店铺盘点公司要求下班盘且给加班费，但赶不上地铁这一行为是否合法，需从多个角度分析，一般情况下，若公司安排合理且符合相关法律规定，该行为是合法的；但如果公司安排不合理，侵犯了员工的合法权益，则可能不合法。
分析如下：
加班费的支付：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。公司已经明确表示会支付加班费，这一点是符合法律规定的。
工作时间的安排：
- 虽然公司要求下班后进行盘点，并支付了加班费，但关键在于这种安排是否合理，是否侵犯了员工的合法权益。例如，如果盘点工作经常导致员工无法按时回家，且公司没有提供必要的交通补贴或其他补偿措施，那么这种安排可能被视为不合理。
- 另外，如果盘点工作超出了正常的加班时间限制（如每日加班不超过3小时，每月加班不超过36小时等，具体根据当地劳动法规确定），那么公司可能违反了关于加班时间的规定。
交通问题的考量：
- 赶不上地铁本身并不直接构成公司违法的理由。然而，如果公司明知员工下班后无法乘坐公共交通工具回家，且未提供任何形式的交通补偿或安排，那么这种忽视员工实际困难的行为可能被视为不人性化，甚至在某些情况下可能构成对员工权益的侵犯。
- 员工可以与公司协商，看是否能调整盘点时间，或者公司提供交通补贴、打车费用等解决方案。
员工权益的保护：
- 员工有权拒绝不合理的加班安排，特别是当这种安排侵犯了其合法权益时。如果员工认为公司的安排不合理，可以与公司进行沟通协商，或者向劳动监察部门投诉。
建议：
- 与公司沟通：首先，建议员工与公司进行沟通，表达自己的困难和诉求，看是否能找到双方都能接受的解决方案。
- 了解当地劳动法规：员工应了解当地的劳动法规，特别是关于加班时间、加班费支付以及员工权益保护等方面的规定，以便更好地维护自己的合法权益。
- 寻求法律援助：如果与公司沟通无果，且员工认为自己的权益受到了侵犯，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
可能后果：
- 如果公司安排合理且符合法律规定，员工需要接受这种安排并按时完成盘点工作。
- 如果公司安排不合理或侵犯了员工的合法权益，员工有权拒绝并寻求法律援助或投诉，公司可能面临劳动监察部门的处罚或需要承担相应的法律责任。
总之，店铺盘点公司要求下班盘且给加班费，但赶不上地铁是否合法，需根据具体情况判断。员工应了解自己的权益和当地劳动法规，与公司进行沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。